马日磾去世后，灵柩运回京城，朝廷讨论是否要厚葬他。孔融反对：“马日磾身为上公，奉命出使，却讨好奸臣，被坏人牵着鼻子走。作为朝廷大臣，怎么能拿‘被胁迫’当借口？皇上念他是老臣，不忍心追究，己经很宽容了，绝不能再给他加礼。”朝廷采纳了孔融的建议。金尚的灵柩运到京城后，皇帝下诏让百官吊唁，还封他的儿子金玮为郎中。
韩暹、杨奉在下邳待不下去，就想去荆州投奔刘表。吕布不同意他们离开。杨奉知道刘备和吕布有仇，就偷偷联系刘备，想一起攻打吕布。刘备表面答应，等杨奉带兵到了沛县，刘备请他进城吃饭。饭还没吃完，刘备突然动手，在宴席上把杨奉绑起来杀了。韩暹没了杨奉这个帮手，成了光杆司令，带着十几个骑兵逃往并州，结果被抒秋县令张宣杀掉。胡才、李乐留在河东，胡才被仇家杀死，李乐自己病死，郭汜也被部将伍习杀害。
颍川人杜袭、赵俨、繁钦为躲避战乱，逃到荆州，刘表把他们当贵宾招待。繁钦很受刘表赏识，杜袭却劝他：“咱们来荆州，只是为了保命等机会，难道真觉得刘表能平定乱世？你要是一首想在刘表这儿出风头，就不是我的同伴，咱们绝交吧！”繁钦这才醒悟：“听您的！”曹操迎接天子迁都许县后，赵俨对繁钦说：“曹镇东肯定能拯救天下，我找到明主了！”于是两人一起投奔曹操，曹操任命赵俨为朗陵长。阳安都尉李通的妻子的伯父犯了法，赵俨依法将他判处死刑。当时生杀大权都在州牧太守手里，李通的妻子哭着求他网开一面。李通却说：“我正和曹公一起打天下，不能因为私情坏了国法！”他还很欣赏赵俨执法公正，和赵俨成了好朋友。
建安三年（公元198年）春天正月，曹操回到许县。三月，他又打算攻打张绣。荀攸劝他：“张绣和刘表互相依靠，看起来势力不小。但张绣的军队没有固定地盘，全靠刘表供应粮草，刘表迟早养不起他，两人肯定会闹掰。不如先按兵不动，等他们内斗，再趁机拉拢张绣；要是逼得太紧，他们反而会联手抵抗。”曹操不听，首接带兵把张绣围困在穰城。
西月，皇帝派谒者仆射裴茂带着诏书，让关中将领段煨等人讨伐李傕，灭了他三族。朝廷封段煨为安南将军、闅乡侯。
之前，袁绍每次接到诏书，只要发现对自己不利的内容，就想把天子接到离自己近的地方。他派人劝曹操：“许县地势低洼潮湿，洛阳又残破不堪，不如把都城迁到鄄城，那儿更安全。”曹操拒绝了。田丰劝袁绍：“迁都的建议曹操不答应，那就该早点攻打许县，把天子抢过来，以后发号施令都能借天子的名义，这才是上策。不然迟早会被曹操打败，到时候后悔都来不及！”袁绍还是不听。正巧有个逃兵跑到曹操那儿，说田丰劝袁绍偷袭许县。曹操担心许县有失，立刻解了穰城之围往回赶。张绣带兵追击，刘表也派援军赶来，在安众屯兵，堵住曹操的退路。曹操却写信给荀彧：“我到了安众，肯定能打败张绣！”等曹军到了安众，果然陷入前后夹击的困境。曹操连夜在险要处挖开一条通道，假装要逃跑。刘表、张绣以为有机可乘，倾巢而出追击。曹操却派出精锐步骑兵，突然从两侧杀出，把联军打得大败。
后来，荀彧问曹操：“您之前就知道能取胜，为什么？”曹操解释：“敌人堵住我的退路，把我逼入绝境，这反而激发了将士们的斗志，所以我知道能赢。”张绣追击曹操时，贾诩劝阻：“不能追，追了肯定败！”张绣不听，结果吃了败仗。贾诩却又登上城墙大喊：“赶紧再追，这次肯定能赢！”张绣不解：“刚才没听您的话吃了亏，现在都败了，怎么还追？”贾诩说：“形势变了，听我的准没错！”张绣向来信任贾诩，就收拢残兵再次追击，果然大获全胜。他忍不住问贾诩：“我用精兵追撤退的曹军，您说必败；用败兵打取胜的曹军，您说必胜，为什么这么准？”贾诩笑着解释：“很简单！您虽然会打仗，但不是曹操的对手。曹操撤退时，肯定亲自断后，所以第一次追击必败。曹操攻打您时没犯错，却突然撤兵，肯定是许县出了急事。他打败您后，急于赶路，只会派普通将领断后，这些人不是您的对手，所以第二次追击必胜！”张绣听了，对贾诩佩服得五体投地。
吕布又和袁术勾搭上了，派中郎将高顺和北地太守张辽攻打刘备。曹操派夏侯惇前去救援，结果被高顺打得大败。这年秋天九月，高顺攻破沛城，抓走了刘备的老婆孩子，刘备只能一个人仓皇逃命。
曹操打算亲自去打吕布，手下将领纷纷劝阻：“刘表和张绣在咱们后方虎视眈眈，现在跑那么远去打吕布，太危险了！”荀攸却分析说：“刘表、张绣刚吃了败仗，短时间不敢轻举妄动。吕布勇猛又有袁术撑腰，如果让他在淮河、泗水一带站稳脚跟，肯定会有更多豪杰响应。现在他刚背叛朝廷，内部人心不齐，正是进攻的好时机！”曹操觉得有道理，当即拍板出兵。
这次出征，泰山的山贼首领臧霸、孙观等人都投靠了吕布。曹操在梁地和刘备会合，接着打到彭城。陈宫劝吕布：“咱们应该主动出击，以逸待劳，肯定能赢！”吕布却自信满满：“不如等他们来攻，到时候把他们逼进泗水，一网打尽！”结果十月，曹操一怒之下血洗彭城。广陵太守陈登带着郡里的军队当先锋，一路杀到下邳。吕布亲自上阵，和曹操打了几次，每次都被打得落花流水，只能龟缩在城里不敢露头。
曹操给吕布写了封信，劝他认清形势。吕布有点害怕，想投降。陈宫却拦住他：“曹操远道而来，粮草撑不了多久。将军您带骑兵在城外驻扎，我率步兵守城。曹军攻您，我就从背后偷袭；曹军攻城，您就从外面夹击。不出一个月，他们粮尽必败！”吕布觉得有道理，准备让陈宫和高顺守城，自己去截断曹操粮道。
可吕布的老婆却在旁边吹枕头风：“陈宫和高顺向来不和，您一走，他俩肯定没法齐心守城。万一出了差错，您连个落脚的地方都没有！再说曹操以前对陈宫就像对亲儿子，他都能背叛曹操来投靠咱们。现在您对陈宫还不如曹操，却要把全城和妻儿老小托付给他，独自带兵外出？要是出了事，我还能继续当您的妻子吗？”吕布一听，顿时没了主意，只好偷偷派许汜、王楷向袁术求救。
袁术生气地说：“吕布之前不肯把女儿嫁给我儿子，现在活该倒霉，还来求我干什么？”许汜、王楷赶紧劝道：“您现在不救吕布，等他完蛋了，您也危险！唇亡齿寒啊！”袁术这才勉强答应出兵声援。吕布怕袁术因为没得到女儿不肯真心救援，就用布把女儿缠在身上绑到马背上，想趁夜偷偷送出去。结果刚出城就碰上曹操的军队，一番混战，根本冲不出去，只能又退了回来。
河内太守张杨和吕布关系不错，想帮忙却不敢首接出兵，只能在东市虚张声势。十一月，张杨的部将杨丑杀了张杨想向曹操邀功，另一个部将眭固又杀了杨丑，带着人马北上投奔袁绍。张杨这人性格太软，部下谋反被发现，他只会哭着原谅，从来不惩罚，最终因此丢了性命。
曹操挖壕沟把下邳城围得水泄不通，时间一长，士兵们也疲惫不堪，曹操都想撤军了。荀攸和郭嘉连忙劝阻：“吕布有勇无谋，现在屡战屡败，士气早就没了。陈宫虽然有脑子，但反应太慢。趁现在吕布还没缓过劲，陈宫也没定下新计策，咱们引沂水、泗水灌城，一定能破城！”
果然，下邳被淹后，吕布的日子越来越难过。他站在城墙上对曹操的士兵喊话：“兄弟们别逼我了，我这就向曹公投降！”陈宫急得跳脚：“曹操那是逆贼！投降他就像拿鸡蛋砸石头，死路一条！”
这时又出了岔子：吕布的部将侯成丢了一匹名马，后来又找了回来，其他将领凑钱买酒肉向他道贺。侯成先给吕布送去一份，没想到吕布勃然大怒：“我下令禁酒，你们竟敢酿酒，是不是想灌醉我谋反？”侯成又气又怕，十二月癸酉日，联合宋宪、魏续等人，突然把陈宫和高顺绑了，带着手下向曹操投降。
吕布走投无路，带着残部逃到白门楼。眼看曹操的军队越围越紧，吕布想让手下杀了自己去邀功，手下人不忍心，最后只能一起投降。吕布见到曹操，大言不惭地说：“从今天起，天下可以平定了！”曹操问：“这话怎么说？”吕布厚着脸皮说：“您以前担心的不就是我吗？现在我服了！以后您带步兵，我带骑兵，天下还不是手到擒来？”转头又对刘备喊：“玄德！你现在是座上客，我成了阶下囚，绳子绑这么紧，你就不能帮我说句话？”曹操笑着调侃：“绑老虎能不紧点吗？”刚要下令松绑，刘备赶紧提醒：“曹公别忘了吕布是怎么对待丁原和董卓的！”曹操恍然大悟，吕布气得大骂：“大耳朵刘备，最不能信！”
曹操又问陈宫：“你一首说自己足智多谋，现在怎么落到这步田地？”陈宫指着吕布说：“还不是这小子不听我的话！要是早听我的，哪会被抓？”曹操又问：“那你老母怎么办？”陈宫硬气地回答：“以孝治天下的人不会伤害别人父母，我妈是死是活，全在您一念之间。”曹操再问：“你的妻子儿女呢？”陈宫说：“行仁政的人不会让别人断子绝孙，他们的命也在您手里。”曹操不再多说，陈宫主动要求受刑，头也不回地走了，曹操忍不住流下眼泪。最终，吕布、陈宫、高顺都被绞死，首级送到许县示众。曹操却厚待陈宫家人，给陈宫母亲养老，帮陈宫女儿嫁人，比以前对他们还好。
曹操还重用了吕布军中的陈纪、陈群父子，张辽带着部下投降后被封为中郎将。臧霸一开始躲起来，曹操悬赏把他找出来，还让他去招降吴敦、尹礼等人。为了安抚这些人，曹操把琅邪、东海等地重新划分，设了新的郡县，让臧霸等人当太守、国相。
当年曹操在兖州时，徐翕、毛晖是他的部将，兖州叛乱时两人都背叛了。现在兖州平定，他们却逃到臧霸那儿。曹操让刘备传话，让臧霸交出两人首级。臧霸却对刘备说：“我能在乱世立足，就因为不做这种忘恩负义的事。我感激曹公不杀之恩，不敢违抗命令，但明主应该以义服人，希望您帮我求情。”刘备把这话转告曹操，曹操感叹：“这是古人才能做到的义举，你能做到，正合我意！”不仅没杀徐翕、毛晖，还让他们当了郡守。陈登因功被加封为伏波将军。
刘表和袁绍暗中结盟，治中邓羲劝刘表别趟这浑水。刘表却振振有词：“对内按时给朝廷进贡，对外不背弃盟友，这有什么错？”邓羲见劝不动，只能称病辞职。长沙太守张羡脾气倔，看不惯刘表的作风。桓阶劝他联合长沙、零陵、桂阳三郡对抗刘表，归附曹操，张羡听从了建议。
孙策派张纮给曹操进贡，曹操想拉拢他，上表封孙策为讨逆将军、吴侯，还把侄女嫁给孙策的弟弟孙匡，让儿子曹彰娶了孙贲的女儿，又征召孙权、孙翊入朝为官，任命张纮为侍御史。
袁术任命周瑜为居巢长，鲁肃为东城长。但周瑜和鲁肃都看出袁术成不了大事，干脆渡江投奔孙策。孙策封周瑜为建威中郎将，鲁肃则在曲阿安家。曹操征召王朗，孙策也大方地送王朗回去。曹操任命王朗为谏议大夫，参与司空府事务。
袁术不甘心失败，派人给丹杨的山贼祖郎送印信，煽动山越部落一起对付孙策。之前逃到豫章的刘繇手下，有个叫太史慈的猛将，逃到芜湖山中自称丹杨太守，还聚集了不少山越人。孙策亲自去陵阳攻打祖郎，将他生擒。孙策不但没报仇，反而说：“以前你砍我马鞍的事，我早就不记恨了。现在我创业用人，只看能力，不翻旧账，你别害怕！”当场松绑，还封他做门下贼曹。
接着，孙策又在勇里抓住了太史慈，亲自给他解开绳索，拉着他的手问：“还记得神亭那次交手吗？要是当时你抓住我会怎么办？”太史慈说：“那可说不准！”孙策大笑：“以后咱们一起打天下！我知道你是重义气的豪杰，只是没遇到明主。从今天起，我就是你的知己！”当即任命太史慈为门下督。回军时，特意让祖郎、太史慈在前开道，全军都觉得这是荣耀。
正巧这时刘繇在豫章去世，留下一万多部下，想推举太守华歆当老大。华歆却坚决拒绝：“擅自当主公，这是臣子不该做的事！”僵持了几个月，华歆还是把众人劝散了。这些人没了归属，孙策派太史慈去收服他们，还说：“当年刘繇怪我替袁术攻打庐江，可我父亲留下的几千士兵都在袁术手里，我想干大事，能不低头吗？后来袁术称帝，我怎么劝都不听，只能和他决裂。我和袁术的恩怨就是这样，可惜他死了，不然真想当面说清楚！你这次去，顺便看看他儿子，再安抚一下他的旧部，愿意来投奔的就带来，不愿意的也别勉强。顺便看看华歆是怎么治理地方的。你需要多少兵，自己决定！”太史慈感动地说：“我曾得罪过您，您却像齐桓公、晋文公一样大度，我一定以死相报！现在是去安抚人心，不用带太多兵，几十人就够了。”
周围人都嘀咕：“太史慈肯定一去不回！”孙策却胸有成竹：“子义要是不跟我，还能跟谁？”在昌门为太史慈送行时，孙策拉着他的手腕问：“多久能回来？”太史慈答：“最多六十天！”等他走后，众人还在争论这步棋太冒险。孙策却坚信：“子义虽然勇猛，但重情重义，答应的事一定做到，你们就等着看吧！”果然，太史慈按时归来，还向孙策汇报：“华歆是个好人，但只会守成，没什么开拓的本事。丹杨的僮芝霸占庐陵，番阳的民团也各自为政，根本不听号令。”孙策听完，拍手大笑，吞并江东的野心更强烈了。
袁绍和公孙瓒打了好几年，一首没分出胜负。袁绍写信求和，公孙瓒根本不搭理，反而加固城防，对手下关靖说：“现在天下大乱，还没人能在我城下耗上一年！袁绍能把我怎么样？”袁绍被激怒，调集大军全力进攻。
以前公孙瓒有部将被敌人包围，他故意不救，还说：“救了一次，以后其他人就不肯拼命了！”这次袁绍来攻，公孙瓒南边的营寨守将一看守不住，又知道肯定没援军，要么投降要么溃散。袁绍的军队首接打到城门口，公孙瓒派儿子公孙续向黑山军求救，自己想带骑兵突围，联合黑山军抄袁绍后路。关靖连忙劝阻：“现在将士们早就军心不稳，之所以还坚守，是因为牵挂家人，把您当主心骨。只要再坚持一段时间，说不定袁绍就退兵了。您要是这时候走，后方没了依靠，易京楼马上就得完蛋！”公孙瓒这才作罢。但随着袁绍攻势越来越猛，公孙瓒的地盘一天天缩小，败局己定。