咸安元年（辛未年，公元371年）
春天正月，袁瑾、朱辅向秦国求救，秦王苻坚任命袁瑾为扬州刺史，朱辅为交州刺史，派武卫将军武都王苻鉴、前将军张蚝率领两万步兵骑兵去救援。大司马桓温派淮南太守桓伊、南顿太守桓石虔等人在石桥攻打苻鉴、张蚝，把他们打得大败，秦兵退守慎城。桓伊是桓宣的儿子。丁亥日，桓温攻下寿春，活捉袁瑾、朱辅和他们的宗族，押送到建康处死。
秦王苻坚把关东的豪杰和各族共十五万户迁到关中，把乌桓人安置在冯翊、北地，把丁零人翟斌安置在新安、渑池。那些因战乱流亡、想回原籍重操旧业的人，都听凭他们回去。
二月，秦国任命魏郡太守韦钟为青州刺史，中垒将军梁成为兖州刺史，射声校尉徐成为并州刺史，武卫将军王鉴为豫州刺史，左将军彭越为徐州刺史，太尉司马皇甫覆为荆州刺史，屯骑校尉天水人姜宇为凉州刺史，扶风内史王统为益州刺史，秦州刺史西县侯苻雅为使持节、都督秦、晋、凉、雍州诸军事、秦州牧，吏部尚书杨安为使持节、都督益、梁州诸军事、梁州刺史。重新设置雍州，治所设在蒲阪；任命长乐公苻丕为使持节、征东大将军、雍州刺史。梁成是梁平老的儿子；王统是王擢的儿子。苻坚因为关东刚平定，地方官得选合适的人，让王猛根据实际情况选拔优秀人才，补充六州的太守、县令，任命后，再上报朝廷正式任命。
三月壬辰日，益州刺史建成定公周楚去世。
秦国后将军金城人俱难在桃山攻打兰陵太守张闵子，大司马桓温派兵击退了他。
秦国西县侯苻雅、杨安、王统、徐成以及羽林左监朱肜、扬武将军姚苌率领七万步兵骑兵讨伐仇池公杨纂。
代国将领长孙斤图谋刺杀代王拓跋什翼犍，世子拓跋寔阻止他，被伤了肋骨，最终抓住长孙斤，把他杀了。
夏天西月戊午日，大赦天下。
秦兵到了鹫峡，杨纂率领五万兵众抵抗。梁州刺史弘农人杨亮派督护郭宝、卜靖率领一千多骑兵援助杨纂，和秦兵在峡中交战；杨纂的军队大败，战死的有十分之三西。郭宝等人也战死了，杨纂收编残兵逃回。西县侯苻雅进军攻打仇池，杨统率领武都的兵众投降秦国。杨纂害怕了，反绑双手出城投降，苻雅把杨纂送到长安。任命杨统为南秦州刺史；加授杨安都督南秦州诸军事，镇守仇池。
王猛在枹罕打败张天锡时，俘获了他的将领敦煌人阴据和五千名士兵。秦王苻坚攻克杨纂后，派阴据率领他的士兵返回凉州，派著作郎梁殊、阎负送他们回去，顺便让王猛写信劝谕张天锡说：“过去您的先王向刘、石称臣，是因为认清了强弱形势。现在论凉州的实力，比过去减弱了；说大秦的德行，不是二赵能比的；而将军您却反而和我们断绝关系，恐怕不是宗庙的福气吧！凭秦国的威力，能震慑西方，可以让弱水向东流，让长江、黄河向西淌。关东己经平定，将要调兵到河右，恐怕不是六郡官民能抵抗的。刘表说过汉南可以保住，将军您说西河可以保全，吉凶都由自己决定，过去的事例不远，您应该深思熟虑，为自己谋求福分，不要让六代人的基业毁于一旦！”张天锡非常害怕，派使者谢罪称臣。苻坚任命张天锡为使持节、都督河右诸军事、骠骑大将军、开府仪同三司、凉州刺史、西平公。
吐谷浑王辟奚听说杨纂战败，五月，派使者向秦国献上一千匹马、五百斤金银。秦国任命辟奚为安远将军、川侯。辟奚是叶延的儿子，好学，仁厚却没有威严决断。他的三个弟弟专横放纵，国人都担心。长史钟恶地是西羌的豪强，对司马乞宿云说：“三个王爷横行霸道，权势超过国王，国家快灭亡了。我们两人身为辅政大臣，怎能坐视不管！明天是月中，文武百官都会聚集，我要讨伐他们。国王身边的人都是我们羌人，我眨眨眼示意，立刻就能擒获他们。”乞宿云请求先告诉国王，钟恶地说：“国王仁慈却没决断，告诉了他一定不会同意。万一事情泄露，我们就全完了。话己出口，怎能中途改变！”于是在座位上逮捕了三个弟弟，杀了他们。辟奚又惊又怕，自己钻到床底下，钟恶地、乞宿云上前扶起他说：“我们昨天梦见先王刺了我们一下，说：‘三个弟弟要谋反，不能不讨伐。’所以才杀了他们。”辟奚因此发病，精神恍惚，命令世子视连说：“我连累了同胞兄弟，到了地下有何面目见他们！国家大小事务，都由你处理，我剩下的这点寿命，只能苟活罢了。”不久就因忧虑去世了。
视连继位，七年不喝酒、不打猎，军政大事都交给将领辅佐。钟恶地劝谏，认为：“君主应当自己娱乐，建立威望、布施恩德。”视连哭着说：“我家从先代以来，以仁孝忠恕相传。先王因兄弟友爱没能善终，悲愤而死。我虽然继承了家业，也只是空占位置而己，声色娱乐，怎会安心！威望恩德的建立，只能交给将来了。”
代国世子拓跋寔因伤去世。
秋天七月，秦王苻坚到洛阳。
代国世子拓跋寔娶了东部大人贺野干的女儿，有个遗腹子，甲戌日，生下男孩，代王拓跋什翼犍为此在境内大赦，给孩子取名涉圭。
大司马桓温因为梁、益二州多盗贼，周氏世代有威名，八月，任命宁州刺史周仲孙监理益、梁二州诸军事，兼任益州刺史。周仲孙是周光的儿子。
秦国任命光禄勋李俨为河州刺史，镇守武始。
王猛因潞川之战的功劳，请求任命邓羌为司隶校尉。秦王苻坚下诏说：“司隶校尉负责京城附近的治理，责任重大，不是用来优待名将的职位。光武帝不把行政事务交给功臣，实在是看重他们。邓羌有廉颇、李牧的才能，我正要把征伐的大事托付给他，北伐匈奴，南荡扬、越，这才是邓羌的职责，司隶校尉怎能困住他！晋升他为镇军将军，位特进。”
九月，秦王苻坚返回长安。归安元侯李俨在上邽去世，苻坚又任命李俨的儿子李辩为河州刺史。
冬天十月，秦王苻坚到邺城，在西山打猎，十多天不回来。艺人王洛拉住马劝谏说：“陛下关系到万民的安危，现在久猎不归，一旦发生意外，怎么对太后、对天下人交代！”苻坚因此停止打猎回宫。王猛趁机进言说：“打猎确实不是紧急事务，王洛的话，不能忘了。”苻坚赏赐王洛一百匹帛，任命他为官箴左右，从此不再打猎。
大司马桓温仗着自己有才能谋略、地位声望高，心里藏着篡位的念头，曾摸着枕头感叹：“男人就算不能流芳百世，也该遗臭万年！”有个会看相的术士杜炅，能看出人的贵贱，桓温问他自己的官职能到什么地步，杜炅说：“明公您的功勋能和宇宙平齐，地位能到臣子的顶点。”桓温听了很不高兴。他本想先在黄河以北立战功，以此赢得大家的认可，回来后接受九锡（古代帝王赐给重臣的最高礼遇）。可枋头打了败仗，威望大减。后来攻下寿春，他问参军郗超：“这能洗刷枋头的耻辱吗？”郗超说：“不能。”过了很久，郗超到桓温那里留宿，半夜对桓温说：“明公您难道没什么顾虑吗？”桓温说：“你想说什么？”郗超说：“明公肩负天下重任，如今都六十岁了，大败之后，如果不建立非凡的功勋，就没法稳住民心！”桓温问：“那怎么办？”郗超说：“明公不做伊尹、霍光那样废立君主的事，就没法建立权威，震慑天下。”桓温本来就有这心思，觉得他说得对，就和他定下计划。因为当时的皇帝向来谨慎没过错，不好首接找茬，可私生活容易捏造罪名，于是就散布说“皇帝早就有阳痿的病，他宠信的相龙、计好、朱炅宝等人，经常在后宫伺候，还有两个美人田氏、孟氏生了三个男孩，皇帝想立他们为太子，颠覆皇家基业”。这话偷偷在民间传开，当时的人没人能分清真假。
十一月癸卯日，桓温从广陵准备回姑孰，驻扎在白石。丁未日，他到建康，暗示褚太后废黜皇帝，立丞相会稽王司马昱，并把写好的诏书草稿给太后看。太后正在佛堂烧香，内侍禀报：“外面有紧急奏章。”太后出来，靠着门看了几行，就说：“我本来就怀疑这事！”看到一半停下，拿过笔添了句：“我这未亡人不幸遭这么多忧患，想到活着和死去的人，心里像被刀割一样。”
己酉日，桓温召集百官到朝堂。废立君主是历代少有的事，没人知道该按什么规矩来，百官都吓得发抖。桓温自己也紧张得脸色变了，不知道该怎么办。尚书仆射王彪之知道这事拦不住，就对桓温说：“您辅佐皇家，该依照前代的例子。”于是让人取来《霍光传》，礼仪制度很快就定了下来。王彪之穿着朝服站在台阶上，神情坚定，毫无惧色。文武百官的礼仪标准，都由他定下来，朝廷上下因此都佩服他。接着宣布太后的诏令，废皇帝为东海王，让丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位。百官进入太极前殿，桓温派督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收回皇帝的玉玺绶带。皇帝戴着白帽子、穿着单衣，从西堂走下来，坐牛车出了神虎门，群臣叩拜送别，没有不抽噎的。侍御史、殿中监带一百名士兵护送他到东海王府第。桓温率领百官准备好皇帝的车马仪仗，到会稽王府迎接会稽王。会稽王在朝堂换了衣服，戴平巾帻、穿单衣，面朝东流泪，拜受玉玺绶带，当天就即位做了皇帝，改了年号。桓温出宫住在中堂，派兵驻守防卫。桓温脚有毛病，皇帝下诏让他坐车进殿。桓温准备了说辞，想讲废立的原因，可皇帝召见他时，刚见面就流了几十行眼泪，桓温又慌又怕，最终一句话没说就出来了。
太宰武陵王司马晞，喜欢军事，被桓温忌恨，桓温想废了他，把这事告诉王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室近亲，又没明显的罪过，不能因为猜疑就废黜流放他。您拥立圣明的君主，该尊崇王室，和伊尹、周公一样留美名；这是大事，该再仔细考虑。”桓温说：“这事己经定了，你别再说了！”乙卯日，桓温上奏“司马晞聚集轻浮剽悍的人，他儿子司马综骄横残忍；袁真叛乱，和他有牵连。近来他心怀猜疑恐惧，会成为祸乱的根源。请免去司马晞的官职，让他以王的身份回封地。”皇帝同意了，还免去了他世子司马综、梁王等人的官职。桓温派魏郡太守毛安之率领部下在殿中值宿守卫。毛安之是毛虎生的弟弟。
庚戌日，尊褚太后为崇德太后。
当初，殷浩去世，大司马桓温派人送信吊唁。殷浩的儿子殷涓不回信，也不去拜见桓温，反而和武陵王司马晞来往。广州刺史庾蕴是庾希的弟弟，向来和桓温有矛盾。桓温讨厌殷、庾两家势力大，想除掉他们。辛亥日，桓温让他弟弟桓祕逼迫新蔡王司马晃到西堂叩头自首，说自己和司马晞及他儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等人谋反；皇帝对着他流泪，桓温把这些人都抓起来交给廷尉。庾倩、庾柔都是庾蕴的弟弟。癸丑日，桓温杀了东海王的三个儿子和他们的母亲。甲寅日，御史中丞谯王司马恬按桓温的意思，请求依法处死武陵王司马晞。皇帝下诏说：“这事太让人悲痛惶恐了，我不忍心听，更别说谈论了！还是再仔细商议吧！”司马恬是司马承的孙子。乙卯日，桓温再次上奏坚决请求处死司马晞，言辞很严厉。皇帝于是亲手写诏书给桓温：“如果晋朝的国运还长，您就该遵从之前的诏令；如果国运到头了，我就给贤能的人让路。”桓温看了诏书，吓得流汗脸色大变，就上奏废黜司马晞和他三个儿子，把他们的家属都迁到新安郡。丙辰日，把新蔡王司马晃废为平民，迁到衡阳；殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔都被灭族，庾蕴喝毒酒自杀。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳是桓豁的女儿，所以桓温特别赦免了她。庾希听说出事，和弟弟会稽王参军庾邈及儿子庾攸之逃到海陵的沼泽里。桓温杀了殷、庾两家后，威势极大，侍中谢安见到桓温远远就下拜。桓温惊讶地说：“安石，你怎么这样？”谢安说：“没有君主在前下拜，臣子在后作揖的道理。”
戊午日，大赦天下，文武官员都升两级。
己未日，桓温到白石，上书请求回姑孰。庚申日，皇帝下诏晋升桓温为丞相，大司马职位不变，留在京城辅佐朝政；桓温坚决推辞，还是请求回封地。辛酉日，桓温从白石回姑孰。
秦王苻坚听说桓温废立君主，对群臣说：“桓温之前在灞上打败仗，后来又在枋头打败仗，不知道反省自责向百姓谢罪，反而废黜君主来给自己辩解，一个六十岁的老头，做出这种事，怎么在天下立足呢！俗话说：‘对家里人发火，却对父亲变脸。’说的就是桓温吧。”
秦国车骑大将军王猛，因为掌管六州事务责任太重，对秦王苻坚说，请求改派亲信贤能的人；而且州府里选拔官员的事，他也停了下来，另外请求到一个州去效力。苻坚回复说：“我和你，论道义是君臣，论感情超过骨肉，就算齐桓公、燕昭王有管仲、乐毅，刘备有诸葛亮，我觉得都比不上我们。君主找人才辛苦，得到人才后就轻松了。既然把六州托付给你，我就没有东顾之忧了，这不是对你的优待，是我自己想轻松点。得到天下不容易，守住天下也难，如果任用的人不合适，祸患就会超出预料，这不只是我的忧虑，也是你的责任，所以我空着朝廷的高位，先让你分管一方。你没明白我的心意，太让我失望了。新的政务等着人才去做，该赶紧选拔补充官员；等东方治理好了，你再穿着礼服回朝廷。”还派侍中梁谠到邺城传达旨意，王猛这才像以前一样处理事务。