兵部还是兵部，吏部还是吏部，这两个不变。
刑部改名为法部，以后就不光管刑律司法，也管民商事纠纷的司法，只是所有的审判工作，不再以公权力处罚犯罪为目的，一部分只是仲裁协调民间钱财纠纷。
户部拆分为民部和财部。这个不用多说，终于把收税和户籍管理人口管理拆开了，管人的专管人，管钱的专管钱。
工部拆分为工部和商部。把工部原本的车船营造和交通运输权限拆分出来，交给类似后世商务部的部门专门负责，而工部本身可以再增加一个对国内工业建设规划管理的职权，类似于后世工信部、工商管理局的一些职权。
同时拆出来的这个类似商务部的部门有了权限，就能专管对外贸易进出口、发展航海殖民事业，算是把大明的开眼看世界工作，直接提升到一个独立的部的级别，可以有自己的政绩追求。朱树人相信这一拆，绝对可以把海外开拓工作的力度大大提升。
吏、兵、礼、文、藩、法、民、财、工、商。
这十个部，再加上独立于十部系统的内务府，一共十一个部级单位，在按照旧法，把每个部的尚书都拉入内阁进行政务讨论，就显得过于臃肿了，议政效率也会低下。
而且考虑到越到近现代，工作专业跨度越大，跨部门跨体系调动官员，很容易出现“外行管内行”的问题。
将来的官员，可不仅仅是只会读四书五经的腐儒了，你得懂越来越多的专业知识，很多时候在一个岗位上的工作能力是不能简单迁移的。
所以，朱树人就指出，一定要避免“鸡同鸭讲”、“外行指挥内行”的问题，不能再把十一个尚书级别的官员，都拉进内阁和稀泥讨论。
而最终讨论的解决办法，也是在各部之上，再设置“内阁协理大臣”，类似于此前的“内阁次辅”，只不过现在的内阁协理大臣可以有三到四个，然后不再是平等的乱交叉协理，而是分工明确，每个协理大臣只针对性分管某几个部（类似于后世副职的协理大臣，有些分管科教文卫，有些分管外交）
四位内阁协理大臣，第一位分管礼、文、藩三个部；
第二位分管吏、法；
第三位分管兵、商（就是把对外航海殖民跟国防交给同一个协理大臣管，这是考虑到这个时代的殖民多是武装殖民，不是和平做生意，需要武力保护）
第四位分管民、财、工、内务府。
如此一来，内阁首辅改名为“内阁总理大臣”，下面副职的有四位“内阁协理大臣”，这四位内阁协理大臣再各自分管两到三个部级单位。
十一个尚书级别的存在，以后就不再直接进入内阁了。
但是特殊情况下，会允许内阁总理大臣或者内阁协理大臣同时直接兼任某一个部的尚书。如此一来，如果一个尚书同时又是内阁大臣，那他还是可以入阁议政的。
制度定下来之后，为了让新制度能顺利过渡，不至于遇到阻力，首批的人选自然也要慎重。
朱树人本人其实已经好多年没有到前台直接执政了，他原本也不是很在乎这些名分，他就想让张煌言直接从内阁首辅转为内阁总理大臣。
但是张煌言坚决推辞，说改革之后，内阁大臣的权力其实比之前又有所提升。在这种变法的关键时期，需要更镇得住场面的人来站台。
最后隐退数年的朱树人，只好勉为其难，先来充任一下大明的第一届内阁总理大臣。为这个岗位站站台，增加天下人民的信心。
他是不在乎的，但天下人民逼着他来安定人心，他也没办法。
朱树人之后，四位内阁协理大臣（排名分先后，越靠前的权力越高）分别是：
内阁第一协理大臣张煌言，分管吏部、法部工作；
内阁第二协理大臣方以智，分管民部、财部、工部，内务府工作；
内阁第三协理大臣郑成功，分管兵部、商部工作；
内阁第四协理大臣顾炎武，分管礼部、文部、藩部工作。
上述权力结构的调整，最后在小康十五年内全部完成。各部衙门和班底也顺势完成了拆分和重组，该新增人手的新增人手，该引入专业人才的引入专业人才。一切都非常顺利。