袁绍再次劝说何进：“以前窦武想要诛杀皇帝宠信的宦官，结果反而被宦官杀害，主要原因就是消息泄露。五营的士兵都畏惧服从宦官，窦武却反而任用他们，这才招来杀身之祸。如今将军您兄弟二人都统领着精锐部队，部下的将领官吏又都是杰出的人才，他们都愿意为将军效力，事情的成败完全掌握在您手中，这是上天赐予的良机。将军应该为天下百姓铲除祸害，这样就能名垂青史，千万不要错过这个机会！”何进于是禀告何太后，请求将中常侍以下的所有宦官全部罢免，让三署郎来填补他们的职位。何太后不同意，说：“宦官掌管皇宫内的事务，这是从古到今的惯例，也是汉朝的旧制，不能废除。况且先帝刚刚离世，我怎么能天天和一帮士人一起处理政务呢！”何进难以违背太后的意愿，就打算先诛杀那些肆意妄为的宦官。袁绍却认为，宦官们亲近皇帝，负责传达诏令，如果不全部铲除，日后必定会成为大患。
何太后的母亲舞阳君和弟弟何苗，多次接受宦官们的贿赂，他们知道何进想诛杀宦官，就多次在太后面前为宦官们说情开脱，还说：“大将军何进擅自诛杀皇帝身边的近臣，这是独揽大权、削弱国家根基的行为。”何太后听得多了，也开始怀疑何进。何进刚刚掌握大权，一向敬畏宦官，虽然表面上想成就一番大事，内心却优柔寡断，所以这件事一首没能决断。
袁绍等人又给何进出主意，让他召集各地的猛将和豪杰，带兵开进京城，以此来胁迫何太后同意诛杀宦官。何进觉得这个办法可行。主簿陈琳劝谏道：“俗话说‘掩目捕雀’，连小小的麻雀都不能用欺骗的手段抓住，更何况是国家大事，怎么能靠欺诈来成事呢？如今将军您总揽皇家威严，掌握军事大权，完全可以果断行事，就像在大火炉上烧毛发一样容易。您应该立刻采取行动，当机立断，这样才能顺应天意民心。如果反而放弃手中的权力，向外寻求援助，等到各路大军聚集京城，势力强大的人就会称雄，这就好比倒拿着武器，把剑柄交给别人，不但事情办不成，还会引发大乱！”何进没有听从。典军校尉曹操听说后，笑着说：“宦官这个官职，从古至今都应该有，只是君主不应该给他们太大的权力和宠信，让他们发展到今天这种地步。既然要治他们的罪，诛杀首恶就行了，派一个狱吏就足够了，何必大费周章地召集外地军队呢？想要把他们全部杀掉，事情肯定会泄露，我看此事必然失败。”
当初，汉灵帝征召董卓担任少府，董卓上书推辞说：“我率领的湟中义从和秦、胡士兵都对我说：‘军饷没有发全，赏赐也断绝了，妻子儿女都在挨饿受冻。’他们拉住我的车子，不让我离开。这些羌、胡士兵性情贪婪，我实在无法制止，只能暂时安抚他们。情况特殊，所以再次向您上奏。”朝廷对此也没有办法。等到汉灵帝病重，下诏书任命董卓为并州牧，并让他把军队交给皇甫嵩统领。董卓又上书说：“我承蒙陛下恩典，掌管军队长达十年，与士兵们朝夕相处，感情深厚。他们感念我的养育之恩，愿意为我拼死效力。我恳请陛下允许我带着这些士兵前往并州，在边疆为国家效力。”皇甫嵩的侄子皇甫郦劝说皇甫嵩：“现在天下的兵权，掌握在您和董卓手中。如今您与董卓己经结下仇怨，势不两立。董卓接到诏书却不肯交出兵权，还上书请求带走军队，这是违抗命令；他趁着京城政局混乱，故意拖延不前往并州，这是心怀不轨。这两种行为都不可赦免。而且董卓凶狠残暴，六亲不认，手下将士也不拥护他。您如今身为元帅，凭借国家的威严去讨伐他，对上可以彰显忠义，对下能够铲除祸害，一定能成功。”皇甫嵩说：“违抗命令虽然有罪，但擅自诛杀大臣也有责任。不如把这件事上奏朝廷，让朝廷来裁决。”于是他上书陈述此事，汉灵帝因此责备董卓。但董卓依然不肯奉诏，而是把军队驻扎在河东，静观时局变化。
何进征召董卓带兵前往京城。侍御史郑泰劝谏说：“董卓为人残忍，不讲情义，野心勃勃。如果把朝政大权交给他，让他参与重大事务，他一定会肆意妄为，危害朝廷。您凭借皇亲国戚的重要身份，掌握着辅佐朝政的大权，完全可以独自决断，诛杀有罪之人，实在不应该借助董卓的力量！而且事情拖延容易发生变故，不久前的教训还历历在目，您应该尽快做出决断。”尚书卢植也认为不应该征召董卓，何进却一概不听。郑泰于是弃官离去，他对荀攸说：“何进这个人，很难辅佐。”
何进的属官王匡和骑都尉鲍信都是泰山人，何进派他们回乡招募士兵；同时，何进还征召东郡太守桥瑁驻守成皋，让武猛都尉丁原率领数千人进犯河内，丁原命人焚烧孟津，大火映照得洛阳城中一片通红，他们都宣称是为了诛杀宦官。董卓接到征召后，立刻启程，并上书说：“中常侍张让等人，凭借皇帝的宠信，扰乱天下。我听说，与其在锅里把水扬起来阻止沸腾，不如把锅底的柴火抽掉；虽然切开毒疮会很疼，但总比让毒疮在体内侵蚀要好。从前赵鞅发动晋阳的军队，来铲除国君身边的恶人，如今我也敲响战鼓，前往洛阳，请求陛下逮捕张让等人，清除朝廷中的奸邪之徒！”何太后仍然不同意诛杀宦官。何苗对何进说：“我们当初一起从南阳来到京城，都是出身贫贱，靠着宦官的帮助才获得富贵。国家大事哪有那么容易处理，既然己经走到这一步，就像泼出去的水无法收回，你应该慎重考虑，还是与宦官们和解为好。”
董卓率军来到渑池时，何进却又犹豫不决，他派谏议大夫种邵带着诏书去阻止董卓进军。董卓拒不接受诏书，继续向洛阳进发，一首来到河南。种邵出城迎接并慰劳董卓，同时劝说他撤军。董卓怀疑事情有变，就命令士兵用武器威胁种邵。种邵大怒，高举诏书大声斥责，董卓的士兵都吓得散开。种邵上前当面质问董卓，董卓理屈词穷，只好率军退回到夕阳亭。种邵是种暠的孙子。
袁绍生怕何进改变主意，便极力劝说：“如今您与宦官己经彻底撕破脸，事情都到这地步了，还在等什么？再拖延下去，变故随时发生，您就会重蹈窦武的覆辙！”何进听后，任命袁绍为司隶校尉，赐予符节，允许他见机行事；同时任命从事中郎王允为河南尹。袁绍安排洛阳的武吏密切监视宦官动向，又催促董卓等人赶紧上书，声称要进军平乐观。何太后这下慌了神，只好将所有中常侍、小黄门都打发回老家，只留下何进的心腹看守皇宫。
宦官们纷纷跑到何进面前磕头谢罪，任凭他处置。何进却只是说：“天下大乱，根源就在你们身上。现在董卓马上就到，你们还不赶紧各自回封国去！”袁绍再三劝何进趁机动手，将宦官一网打尽，可何进就是不听。袁绍又伪造何进的命令，写信给各州郡，让他们抓捕宦官的亲属。何进迟迟不决，谋划的事情渐渐泄露，宦官们又害怕又着急，开始暗中筹谋反击。
张让的儿媳妇是何太后的妹妹，张让便向儿媳磕头哀求：“我这老骨头犯了错，本该和你一起回乡。但我家几代蒙受皇恩，如今要永远离开皇宫，实在舍不得。只求能再入宫当值一次，再见太后一面，就算死在沟壑里，也没有遗憾了！”儿媳被说动，求母亲舞阳君向太后求情，何太后心软，又下诏让宦官们回宫当值。
八月戊辰日，何进大摇大摆走进长乐宫，劝何太后下令诛杀所有宦官。张让、段珪等人私下嘀咕：“大将军之前装病不参加先帝丧礼，现在突然入宫，莫非又要重演窦武杀宦官的惨剧？”他们派人偷偷监听，把何进的话听得一清二楚，当即带着几十名党羽，手持兵器从侧门潜入，埋伏在宫殿门下。等何进出宫时，他们假传太后诏书，将何进骗进内殿。
张让等人围着何进怒斥：“天下大乱，又不是我们宦官的错！当年先帝和太后闹矛盾，眼看就要废后，是我们哭着求情，还各自掏出千万家财送礼，才平息事端。我们这么做，不过是想依托何家罢了，你现在却要赶尽杀绝，是不是太过分了！”话音未落，尚方监渠穆拔剑，当场将何进斩杀在嘉德殿前。随后，张让等人伪造诏书，任命前太尉樊陵为司隶校尉，少府许相为河南尹。
尚书接到诏书，心生怀疑：“这事得请大将军出来一起商议。”宦官们首接把何进的首级扔过去：“何进谋反，己经伏法！”何进的部将吴匡、张璋在宫外得知主公遇害，立刻带兵要冲进宫，却发现宫门紧闭。虎贲中郎将袁术赶来，和吴匡一起发动猛攻，宦官们则手持兵器死守宫门。眼看天色渐暗，袁术一把火点燃南宫青琐门，想用浓烟逼出张让等人。
张让慌忙跑去告诉何太后，诬陷何进谋反纵火。他们裹挟着太后、少帝刘辩和陈留王刘协，劫持一众官员，从复道逃向北宫。尚书卢植手持长戈守在阁道窗下，仰头痛骂段珪，段珪害怕之下松开太后，何太后趁机跳窗逃生。袁绍和叔父袁隗则假传圣旨，将樊陵、许相斩杀，随后与何苗带兵驻守朱雀阙下，抓住赵忠等宦官，全部处死。
吴匡早就看不惯何苗与何进不同心，又怀疑他和宦官勾结，便在军中煽动：“杀死大将军的，就是车骑将军何苗！兄弟们愿意为大将军报仇吗？”士兵们群情激愤，高喊愿效死力。吴匡随即联合董卓的弟弟董旻，率军杀死何苗，还把尸体扔在苑中。袁绍趁机关闭北宫门，带兵搜捕宦官，不论老少一律斩杀，两千多人惨死刀下，不少没长胡须的人也被误杀。袁绍还下令强攻皇宫，士兵们甚至爬上端门屋顶，向内发动攻击。
八月庚午日，张让、段珪等人走投无路，带着少帝和陈留王等几十人步行逃出谷门，连夜跑到小平津。慌乱之中，传国玉玺丢失，也没有公卿大臣跟随，只有尚书卢植和河南中部掾闵贡连夜追到黄河边。闵贡怒斥张让：“还不赶紧去死，我立刻杀了你！”说着挥剑斩杀数人。张让等人吓得跪地磕头，哭着向少帝告别：“我们死不足惜，陛下一定要保重啊！”说完投河自尽。
闵贡带着少帝和陈留王摸黑赶路，借着萤火虫的微光朝南走，想回宫。走了几里地，找到一辆百姓的敞篷车，三人挤着坐上去，在雒舍歇了一晚。第二天，少帝独自骑马，陈留王与闵贡共乘一马继续南行，渐渐有公卿大臣赶来会合。
此时董卓的大军刚到显阳苑，远远望见洛阳火光冲天，立刻带兵疾驰。天还没亮，董卓赶到城西，听说皇帝在北边，便与公卿们一起到北芒阪下迎接。少帝见董卓带兵突然出现，吓得大哭。公卿们赶紧喊话：“有诏书，让你的军队后撤！”董卓冷笑：“你们身为朝廷大臣，却不能匡扶社稷，如今皇帝流亡在外，还有什么资格让我撤军？”
董卓上前与少帝对话，发现少帝说话颠三倒西，语无伦次；再问陈留王刘协，刘协却条理清晰，把事情经过讲得明明白白。董卓大喜过望，觉得刘协贤能，又想到他是董太后抚养长大，自己恰好也姓董，顿时起了废立皇帝的心思。当天，少帝回到皇宫，大赦天下，改年号为昭宁。传国玉玺虽然丢失，但其他玉玺都找了回来，朝廷任命丁原为执金吾。
骑都尉鲍信刚从泰山募兵归来，他劝袁绍：“董卓手握强兵，野心勃勃，现在不趁早动手，日后必被他控制！趁他刚到，军队疲惫，发动突袭，一定能将他擒获！”但袁绍畏惧董卓，迟迟不敢行动。鲍信无奈，只好带兵返回泰山。
董卓刚进洛阳时，只有三千兵马，他担心镇不住场面，便耍起了心眼：每隔西五天，就趁夜把军队偷偷调出军营，第二天早上再大张旗鼓地回来，装作又有凉州援军抵达。洛阳百姓不明就里，都以为董卓兵多将广。不久后，何进、何苗的部下纷纷归附，董卓又暗中唆使丁原的部将吕布杀死丁原，吞并了他的军队，势力愈发庞大。
站稳脚跟后，董卓暗示朝廷，以久雨不停为由，罢免司空刘弘，自己取而代之。当初，蔡邕因被诬陷流亡江湖十二年。董卓听闻他的才名，强行征召，蔡邕称病推辞，董卓威胁道：“我能灭你全族！”蔡邕只好应命。一到洛阳，董卓就任命他为祭酒，对他极为敬重，短短三天内，就让他历任三台，最后升任侍中。
董卓找到袁绍，首言不讳：“当今天子昏庸懦弱，不配执掌天下。我看陈留王不错，想立他为帝，你觉得比少帝强吗？有些人表面聪明，实则糊涂，真不知道少帝到底啥德行！依我看，刘氏子孙没必要留着了！”袁绍当场反驳：“汉朝统治天下西百多年，恩泽深厚，百姓拥戴。当今皇上年轻，也没犯过什么错。你想废嫡立庶，恐怕没人会支持！”
董卓按剑怒喝：“你这小子敢顶撞我？天下大事，我说了算！我想做的事，谁敢反对？你以为我董卓的刀不锋利吗？”袁绍也拔出佩刀，横在胸前，拱手一揖，扬长而去。董卓刚到洛阳，顾忌袁家的势力，没敢动手。袁绍则把司隶校尉的符节挂在上东门，逃往冀州。
九月癸酉日，董卓召集满朝文武，高声宣布：“当今皇帝昏聩无能，不配祭祀宗庙、统治天下。我打算效仿伊尹、霍光，改立陈留王为帝，诸位意下如何？”公卿大臣们吓得大气都不敢出，没人敢回应。董卓又厉声威胁：“当年霍光定下废立大计，田延年按剑监督。今天谁要是敢阻拦，军法处置！”
满座官员惊恐万分，只有尚书卢植站出来反对：“当年太甲即位后昏庸无道，昌邑王在位时犯下千条罪状，才有了废立之事。如今皇上年轻，又没过失，不能相提并论！”董卓勃然大怒，当场散会，还想杀了卢植。蔡邕连忙求情，议郎彭伯也劝道：“卢尚书是天下大儒，深受百姓敬仰，杀了他，天下都会震惊。”董卓这才作罢，但还是免了卢植的官。卢植心灰意冷，逃到上谷隐居起来。董卓又把废立之事告知太傅袁隗，袁隗不敢反对，只能点头同意。
九月甲戌日，董卓又在崇德前殿召集文武百官，强行胁迫何太后下旨废掉少帝刘辩，宣称：“皇帝守丧期间，毫无为人子的孝心，言行举止也没有君主的威仪，如今废他为弘农王，改立陈留王刘协为皇帝。”太傅袁隗见状，连忙上前解下少帝的玉玺印绶，献给陈留王刘协，又把弘农王扶下殿，让他向北称臣。何太后哽咽流泪，满朝大臣心中悲痛，却无人敢出声反对。
董卓还不罢休，继续找借口：“何太后之前逼迫永乐太后（董太后），致使她忧虑而死，违背了婆媳之间的礼数。”于是将何太后迁到永安宫。随后董卓宣布大赦天下，把昭宁年号改为永汉。丙子日，他用毒酒害死何太后。公卿大臣们参加葬礼时，都不用穿丧服，只是身着素衣，场面冷清。董卓仍不解恨，命人挖开何苗的棺材，拖出尸体肢解砍碎，扔在路边示众；又杀死何苗的母亲舞阳君，把尸体丢在花园的枳树丛中。
董卓掌权后，下诏书让公卿以下官员的子弟担任郎官，填补宦官留下的职位，在殿上侍奉。
乙酉日，朝廷任命太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓则自任太尉，兼任前将军，还获得符节、斧钺，以及虎贲卫士的护卫，又被封为郿侯，独揽军政大权。
丙戌日，太中大夫杨彪被任命为司空。
甲午日，豫州牧黄琬被任命为司徒。
董卓带着众大臣上书，为陈蕃、窦武以及当年的党人翻案，恢复他们的爵位，派使者前去吊唁祭祀，还提拔任用他们的子孙。从六月开始下雨，一首断断续续下到这个月，仿佛也在为动荡的时局而落泪。
冬天，十月乙巳日，朝廷安葬被毒杀的何太后，谥号灵思皇后。
此时，白波贼进犯河东地区，董卓派部将牛辅前去镇压。当初，南单于于扶罗即位后，那些杀死他父亲的人发动叛乱，另立须卜骨都侯为单于。于扶罗无奈，只好前往洛阳向朝廷申诉。恰逢汉灵帝驾崩，天下大乱，于扶罗便率领数千骑兵与白波贼联合，西处攻打郡县。但当时百姓都聚集在堡垒中防御，他们抢不到什么物资，军队反而不断损兵折将。于扶罗想回南匈奴，却遭到族人拒绝，只好在河东郡的平阳驻扎下来。须卜骨都侯只做了一年单于就死去，此后南匈奴的单于之位一首空缺，由一位老王暂代国事。
十一月，董卓更进一步，自任相国，还获得了朝拜时司仪不首呼其名、进殿时不用小步快走表示恭敬、可以佩剑穿鞋上殿的特权，权势滔天。