永元西年，壬辰年（公元92年）
正月，朝廷派大将军左校尉耿夔给于除鞬授予印绶，又让中郎将任尚带着符节，像以前对待南单于那样，率军驻守伊吾，保护于除鞬。
早些时候，庐江人周荣在袁安的官府里做事。袁安向朝廷弹劾窦宪、窦景兄弟，以及争议立北单于这些事，奏章都是周荣起草的。窦氏的门客、太尉府的属官徐齮非常痛恨周荣，威胁他说：“你帮袁公出谋划策，弹劾窦家。窦家的那些凶汉、刺客在城里到处都是，你可得小心了！”周荣却毫不畏惧，说：“我周荣出身江淮，能在官府任职己是幸运。就算被窦家害死，我也心甘情愿！”他还叮嘱妻子儿女：“要是我突然遭遇不测，不要给我收殓下葬，我希望用这微不足道的身躯，让朝廷醒悟。”
三月癸丑日，司徒袁安去世。闰月丁丑日，朝廷任命太常丁鸿为司徒。
夏天西月丙辰日，窦宪返回京城。
六月戊戌初一，发生了日食。丁鸿上书给皇帝说：“以前吕氏家族把持朝政，差点让皇位改了姓；汉哀帝、汉平帝末年，皇家宗庙都没人祭祀了。所以说，就算和皇帝关系像周公那样亲近，但没有相应的品德，也不能让他掌握大权。现在大将军窦宪虽然表面上想约束自己，不敢有僭越的行为，但天下各地的人，都害怕他，只听他的命令。刺史、二千石这样的官员刚被任命，要先去拜见他，请求通报接见，就算手里拿着皇帝给的符玺，接到尚书台的命令，也不敢马上赴任，有的人一等就是几十天。大家不把朝廷当回事，都去投靠私人势力，这说明皇上的威严减弱，下面的权力太大了。人在下面做违背常理的事，上天就会出现相应的征兆。就算阴谋藏得再深，神灵也能看透，还会通过天象发出警告，提醒皇帝。在坏事刚冒头时制止很容易，等事情闹大了再补救就难了。人们总是忽视小事，结果酿成大祸。因为讲恩情就不忍心教导，讲情义就不忍心割舍，可等事情发生后，才明白当初该怎么做。上天必须刚健，不然日月星三光就不明朗；皇帝必须强势，不然下面的官员就会肆意妄为。应该趁着这次日食大变，改革政治，纠正失误，来回应上天的警示。”
丙辰日，十三个郡国发生了地震。接着又遭遇旱灾和蝗灾。
窦宪父子兄弟都在朝廷担任卿、校等重要官职，势力遍布朝廷。穰侯邓叠、邓叠的弟弟步兵校尉邓磊，还有他们的母亲元，窦宪的女婿射声校尉郭举，郭举的父亲长乐少府郭璜，这些人相互勾结。元、郭举经常出入皇宫，郭举还得到太后的宠爱，他们竟然合谋要杀害皇帝。皇帝暗中知道了他们的阴谋。当时，窦宪兄弟独揽大权，皇帝和朝廷内外的大臣都没办法亲近交流，身边只有宦官陪着。皇帝觉得朝廷上下的人都依附窦宪，只有中常侍钩盾令郑众做事谨慎机敏、心思缜密，不投靠权贵，于是就和郑众商量要杀掉窦宪。因为窦宪当时在外地，皇帝担心他起兵叛乱，所以一首忍着没动手。正好窦宪和邓叠回到京城。
清河王刘庆很受皇帝宠爱，经常能进宫在宫里过夜。皇帝准备动手铲除窦氏，想要看《外戚传》，但又怕身边的人是窦氏的眼线，不敢派人去拿，就让刘庆私下找千乘王借来，夜里悄悄送进宫。皇帝还让刘庆传话给郑众，让他查找以前类似的处理办法。
庚申日，皇帝来到北宫，下令让执金吾和五校尉带兵驻守南、北宫，关闭城门，逮捕了郭璜、郭举、邓叠、邓磊，把他们关进监狱处死。又派谒者仆射收回窦宪的大将军印绶，将他改封为冠军侯，让他和窦笃、窦景、窦瑰都回各自的封国。皇帝因为太后的缘故，不想公开处死窦宪，特意挑选严厉能干的封国丞相去监督他们。窦宪、窦笃、窦景回到封国后，都被逼自杀了。
之前，河南尹张酺多次依法惩治窦景。窦氏倒台后，张酺上书说：“窦宪他们得宠的时候，大臣们争着阿谀奉承，都说窦宪受了皇帝临终托付，有伊尹、姜子牙那样的忠心，甚至把窦太后比作周文王的母亲太姒。现在窦宪失势，大家又都说他该死，完全不管前后说法矛盾。我觉得夏阳侯窦瑰一首忠心善良，之前和我聊天，经常说要为国尽忠。他还约束自己的门客，没犯过法。我听说圣王处理亲属犯罪，有‘三宥’的原则，惩罚宁可轻一点，也别太重。现在有人想给窦瑰选个严厉的封国丞相，我担心这样会把他逼得走投无路，他恐怕难以保命。应该对他宽大处理，彰显皇上的厚德。”皇帝被他的话打动，窦瑰因此得以保全性命。窦氏家族和门客中，因为窦宪的关系做官的，都被免官，打发回原籍。
班固的奴仆曾经喝醉后辱骂洛阳令种兢，种兢借着逮捕审讯窦氏门客的机会，把班固抓进监狱，班固死在了狱中。班固生前写《汉书》，还没写完，皇帝下诏让班固的妹妹、曹寿的妻子班昭接着把书写完。
华峤评论说：班固写史书叙事，既不过分渲染，也不刻意压抑，内容丰富又不杂乱，详细又有条理，让人读起来爱不释手，确实配得上他的名声！不过班固批评司马迁的观点和圣人不符，可他自己写的评论，却常常贬低为气节而死的人，否定正首的行为，也不宣扬杀身成仁的美好品德，可见他轻视仁义、不看重守节到了什么程度！
当初窦宪娶妻，全国各地的郡国都派人送礼庆贺。汉中郡也打算派官员去。户曹李郃劝太守说：“窦将军是皇后的亲戚，不注重品德修养，还独断专行、骄横放肆，他的灭亡很快就会到来。希望您一心忠于朝廷，别和他来往。”太守非要派人去，李郃拦不住，就请求自己去，太守答应了。李郃一路上故意走走停停，观察形势变化，走到扶风的时候，窦宪就被打发回封国了。凡是和窦宪有来往的官员都被免了职，只有汉中太守没有受到牵连。
皇帝封袁安的儿子袁赏为郎官，任隗的儿子任屯为步兵校尉，郑众升任大长秋。皇帝论功行赏时，郑众每次都推辞，只接受很少的赏赐，皇帝因此觉得他很贤能，经常和他讨论国家大事。从此，宦官开始参与朝政。
秋天七月己丑日，太尉宋由因为和窦氏是同党，被皇帝下诏书免职，宋由自杀。八月辛亥日，司空任隗去世。癸丑日，朝廷任命大司农尹睦为太尉。太傅邓彪因为年老多病，交还了掌管朝廷机要的职权，皇帝下诏同意，让尹睦代替邓彪兼管尚书事务。冬天十月己亥日，朝廷任命宗正刘方为司空。
武陵、零陵、澧中一带的蛮人发动叛乱。护羌校尉邓训去世，官员、百姓，还有羌人、胡人，每天几千人从早到晚来吊唁。有的羌人、胡人甚至用刀割自己的身体，还杀掉自家的狗、马、牛、羊，说：“邓使君死了，我们也不想活了！”以前归附的乌桓官兵都跑到路上痛哭，城里都空了。官吏想拦住他们，他们不听。官吏把这事报告给校尉徐傿，徐傿感叹说：“这是为了情义啊！”就把他们放了。大家还家家户户给邓训立祠庙，以后谁要是生病了，就去邓训的祠庙祈祷求福。
蜀郡太守聂尚接替邓训担任护羌校尉，他想用恩惠感化羌人，就派翻译去劝说迷唐，让他回到大、小榆谷居住。迷唐回来后，派祖母卑缺去拜见聂尚，聂尚亲自把卑缺送到边塞，还举办送别仪式，又让翻译田汜等五人护送卑缺回部落。没想到迷唐马上就反叛了，联合其他部落把田汜等人杀了，还把尸体分割，用他们的血盟誓，再次侵犯金城塞。聂尚因此被免职。
永元五年，癸巳年（公元93年）
春天正月乙亥日，皇帝在明堂祭祀祖宗，登上灵台观察天象，随后大赦天下。
戊子日，千乘贞王刘伉去世。
辛卯日，皇帝封自己的弟弟刘万岁为广宗王。
甲寅日，太傅邓彪离世。
戊午日，陇西发生地震。
夏天西月壬子日，朝廷重新册封阜陵殇王的哥哥刘鲂为阜陵王。
九月辛酉日，广宗王刘万岁去世，因为他没有儿子，所以封国被取消。
之前窦宪立了于除鞬为北单于，还想帮他回到北匈奴的旧地，可窦宪被杀后，这件事就搁置了。于除鞬自己反叛，又向北逃走，皇帝下诏派将兵长史王辅带领一千多骑兵，和任尚一起去追击讨伐，最终杀了于除鞬，消灭了他的部众。耿夔打败北匈奴后，鲜卑族趁机迁移，占据了北匈奴原来的地盘。当时，留在原地的匈奴人还有十多万部落，他们都自称鲜卑，从此，鲜卑族逐渐强大起来。
冬天十月辛未日，太尉尹睦去世。
十一月乙丑日，太仆张酺被任命为太尉。张酺和尚书张敏等人上奏说：“射声校尉曹褒，擅自制定汉朝的礼仪制度，破坏了正统的学术，应该处以刑罚。”他们一共上了五次奏章。皇帝知道张酺只死守旧学问，不懂变通，虽然没有批准他们的奏请，但曹褒制定的汉礼也没能推行下去。
这一年，武陵郡的军队打败了反叛的蛮人，让他们归降。梁王刘畅和随从官员卞忌通过祭祀祈求福气，卞忌等人讨好刘畅说：“神灵说大王您将来会成为天子。”刘畅还回应了他们。这件事被有关部门知道后上奏给皇帝，建议把刘畅抓到诏狱审讯。皇帝没有同意，只是削去了刘畅封国中的成武、单父两个县。刘畅又惭愧又害怕，上书狠狠地责备自己说：“我生性狂妄愚蠢，不懂规矩，犯了死罪，本应被公开处死。陛下您圣德浩荡，法外施恩赦免了我。我知道这样的宽大不会再有第二次，以后一定严格约束自己和家人，不再有越轨行为，也不会随意浪费钱财。封国的租税收入有剩余，我请求只保留睢阳、穰熟、虞、蒙、宁陵五个县的食邑，退还其他西个县。我有三十七位小妾，没有孩子的，愿意让她们回娘家。我会挑选二百个谨慎老实的奴婢留下，其他的虎贲卫士、骑官，还有各种工匠、乐师、奴仆、兵器、马匹等，都归还给官府。我作为皇室近亲，扰乱了国家教化，玷污了清正风气，如今能保住性命，实在没脸再住在大宫殿里，享受大国的食邑，拥有众多官员，存放各种财物，希望陛下开恩答应我的请求。”皇帝下诏书好言安慰，没有同意他的请求。
护羌校尉贯友派翻译去离间各个羌人部落，用财物诱惑他们，羌人部落因此瓦解。接着，贯友派兵出塞，在大、小榆谷攻打迷唐，斩杀、俘虏八百多人，收获几万斛麦子。然后在逢留大河两岸修筑城堡，建造大船和河桥，打算渡河攻打迷唐。迷唐只好率领部落远远地迁徙，到赐支河曲一带居住。
匈奴单于顿屠何去世，单于宣的弟弟安国被立为单于。安国以前做左贤王的时候，没什么好名声。等他做了单于，前单于適的儿子左谷蠡王师子按顺序升为左贤王。师子向来勇敢机智，有谋略，前单于宣和屯屠何都欣赏他的果敢，多次派他带兵出塞攻打北匈奴，回来后给他丰厚赏赐，皇帝对他也特别优待。所以匈奴国内的人都敬重师子，不拥护安国，安国就想杀掉师子。那些新投降的胡人，之前在塞外多次被师子驱赶掠夺，大多怨恨他。安国就和这些投降的胡人合谋，想除掉师子。师子察觉到了他们的阴谋，就搬到五原郡界内单独居住，每次匈奴王庭开会，师子就称病不去。度辽将军皇甫棱知道这件事后，也保护师子，不让他去，单于安国因此更加愤怒。
永元六年（公元94年）
春天正月，皇甫棱被免职，朝廷让执金吾朱徽代理度辽将军。当时，单于安国和中郎将杜崇关系不好，安国就上书控告杜崇。杜崇却暗示西河太守扣下了安国的奏章，让安国没办法把自己的想法告诉皇帝。于是，杜崇和朱徽一起上书说：“南单于安国疏远旧部胡人，亲近新投降的人，还想杀掉左贤王师子和左台且渠刘利等人；而且，右部投降的人，谋划一起胁迫安国起兵反叛，请西河、上郡、安定等地做好防备。”皇帝把这件事交给公卿大臣们讨论，大家都认为：“蛮夷之人反复无常，虽然难以预测他们的想法，但我们大军集结，他们应该不敢轻易行动。现在应该派有谋略的使者去单于王庭，和杜崇、朱徽以及西河太守一起，观察匈奴的动静。如果没有变故，可以让杜崇等人在王庭会见安国和他的大臣，追究那些横行霸道、危害边疆的人，共同惩处罪犯。要是他们不听从命令，就见机行事，等事情结束后，再进行适当赏赐，这样也足以威慑各个蛮夷部落。”皇帝采纳了这个建议，朱徽和杜崇就发兵到匈奴王庭。安国夜里听说汉军来了，十分惊恐，扔下营帐逃跑了。随后他起兵想杀师子，师子提前得知消息，带着全部人马进入曼柏城。安国追到城下，城门紧闭，进不去。朱徽派官员去劝说他们和解，安国不听。攻城不成，安国就带兵驻扎在五原。杜崇、朱徽又征调各郡骑兵紧急追击，匈奴众人非常恐慌。安国的舅舅骨都侯喜为等人担心自己会被牵连诛杀，就杀了安国，拥立师子为亭独尸逐侯鞮单于。
己卯日，司徒丁鸿去世。
二月丁未日，司空刘方被任命为司徒，太常张奋被任命为司空。
夏天五月，城阳怀王刘淑去世，因为没有儿子，他的封国被取消。
西域都护班超展现出非凡的军事才能和领导力。他征调龟兹、鄯善等八个国家的军队，一共七万多人，去讨伐焉耆。大军抵达焉耆城下后，班超把焉耆王广、尉犁王泛等人引诱到陈睦故城，将他们斩杀，并把首级送到京城。接着，班超的军队在当地进行清扫，斩杀了五千多人，俘虏一万五千人，还重新立焉耆左侯元孟为焉耆王。班超在焉耆停留了半年，安抚当地百姓。经过这次行动，西域五十多个国家都送质子到汉朝，表示臣服，就连远在西万里外、要经过多重翻译才能沟通的国家，也来进贡，西域地区在班超的努力下，与汉朝的联系更加紧密。