永光三年（庚辰，公元前41年）
春天二月，冯奉世平定羌族叛乱后回到京城长安，被改任为左将军，并被赐予关内侯的爵位。
三月，汉元帝立皇子刘康为济阳王。
夏天西月癸未日，平昌考侯王接去世。秋天七月壬戌日，朝廷任命平恩侯许嘉为大司马、车骑将军。
冬天十一月己丑日，发生地震，还下了大雨。
这一年，朝廷重新设置盐铁官，将博士弟子的名额增加到一千人。之所以这样做，是因为国家财政吃紧，很多百姓都享受着免除赋税徭役的待遇，导致朝廷没有足够人力、财力来承担内外各项事务。
永光西年（辛巳，公元前40年）
春天二月，汉元帝大赦天下。
三月，元帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天六月甲戌日，汉宣帝陵园的东阙发生火灾。
六月戊寅日，也就是月末的最后一天，出现了日食。汉元帝把之前那些说日食是因为周堪、张猛在朝导致灾祸的大臣都召来责问，这些大臣吓得纷纷磕头谢罪。于是元帝下诏书称赞周堪的才能品德，把他征召到自己身边，任命为光禄大夫，俸禄为中二千石，并让他掌管尚书事务；张猛则重新担任太中大夫、给事中。但当时中书令石显也管理尚书事务，尚书台的五名官员都是他的党羽。周堪很难见到皇帝，只能通过石显向皇帝汇报事情，而事情的决定权也都在石显口中。不巧周堪得了哑病，不能说话，不久后就去世了。石显趁机诬陷张猛，逼得张猛在公车署自杀。
当初，贡禹上奏说：“汉惠帝、汉景帝的宗庙，按照亲族关系己经出了五服，应该拆除；各郡国设立的宗庙不符合古代礼法，也应该重新整顿。”汉元帝觉得他说得对。秋天七月戊子日，朝廷废除昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园祭祀活动，只安排少量官吏士卒守护。冬天十月乙丑日，又废除了各郡国的祖宗宗庙。
各个皇帝的陵园分别归三辅管辖。汉元帝把渭城寿陵亭部原上作为自己的陵墓所在地，并下诏书说，不在陵墓附近设置县邑，也不迁徙郡国的百姓到这里。
永光五年（壬午，公元前39年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东祭祀土地神后土。
秋天，颍川发大水，很多百姓被淹死。
冬天，元帝到长杨宫的射熊馆，举行大规模的狩猎活动。
十二月乙酉日，根据韦玄成等人的建议，朝廷拆除了太上皇、汉惠帝的寝庙园。
汉元帝喜欢儒家学说和文学辞藻，对汉宣帝时期的政策做了不少改动。很多向皇帝上书提建议的人都得到了召见，每个人都觉得自己说到了皇帝心坎里。此外，傅昭仪和她的儿子济阳王刘康特别受元帝宠爱，风头甚至盖过了皇后和太子。太子少傅匡衡上书说：“我听说国家治乱安危的关键，在于皇帝心里看重什么。开国皇帝忙着创立基业、传承帝统；继位的皇帝，就该想着继承发扬先帝的德行功绩。以前周成王继位后，一心想传承周文王、周武王的治国之道，把美好的功业都归功于两位先王，不敢独占美名，所以得到上天庇佑、鬼神护持。陛下您品德高尚，爱民如子，但现在阴阳不调，奸邪之事不断，大概是因为大臣们没有大力宣扬先帝的功绩，反而总说旧制度不好用，急着变更。有些新制度行不通，又改回去，搞得大臣们互相指责，百姓也不知道该信什么。我真觉得可惜，国家放弃己经成熟的事业，白白折腾这些！希望陛下仔细谋划治国大业，重视遵循旧制、宣扬先帝功绩，好让大臣们安心。《大雅》说‘要时常追念你的祖先，修养自身的德行’，这是道德的根本。古书上说‘审察自己的好恶，修养自己的性情，王道就完备了’。修养性情，要清楚自己的长处，弥补不足：聪明通达的人要避免过于苛察；见识短浅的人要防止思想闭塞；勇猛刚强的人要克制暴躁；仁爱温良的人要避免优柔寡断；沉静安稳的人要注意把握时机；胸怀宽广的人要防止粗心健忘。一定要清楚自己该警戒的地方，用道义来规范自己，这样才能实现和谐教化，那些投机取巧的人就不敢结党营私、谋求晋升了。希望陛下以此为戒，弘扬圣德！
“我还听说，家庭关系处理好了，天下就能治理好。所以《诗经》以《国风》开篇，《礼记》把冠礼、婚礼作为根本。《国风》从人的情感本性出发，阐明人伦关系；冠礼、婚礼奠定基础，防范不好的事情发生。所以圣明的君主一定会谨慎处理后妃关系，明确嫡庶长幼的地位，用礼仪规范宫内事务。让地位低的不逾越地位高的，新进门的不排在旧人的前面，以此来理顺人情、调和阴气；尊崇嫡子、贬低庶子，嫡子在大堂东面的台阶行冠礼，用甜酒祝贺，庶子不能和嫡子同列，这是为了彰显嫡子的正统地位，消除不必要的嫌疑。这不是表面上走走形式，而是内心就有区别对待，所以礼仪能把内心的想法体现出来。如果圣人日常的行为、交往都遵循规矩，那么天下百姓也会跟着自我约束、接受教化。要是该亲近的人被疏远，该尊贵的人被轻视，那些奸佞狡猾之徒就会趁机兴风作浪，扰乱国家。所以圣人要谨慎防范事情的开端，在不好的事情发生前就加以制止，不因为私人恩情损害国家大义。古书上说‘治理好家庭，天下就能安定’！”
当年，汉武帝曾堵塞过黄河决口的宣房宫。后来，黄河又在馆陶北边决口，冲出一条新河道叫屯氏河，向东北流入大海。屯氏河的宽度和深度都和黄河差不多，所以朝廷就顺其自然，没有修筑堤坝堵塞。就在这一年，黄河在清河郡的灵鸣犊口决口，屯氏河从此断流。
建昭元年（癸未，公元前38年）
春天正月戊辰日，梁地有陨石坠落。
三月，汉元帝前往雍地，祭祀五帝。
冬天，河间王刘元因为杀害无辜百姓，被废除王位，流放到房陵。
朝廷废除了孝文太后的寝祠园。
有一次，汉元帝到虎圈观看斗兽表演，后宫的妃嫔们都陪着一起看。突然有一只熊逃出兽圈，攀着栏杆想爬上殿来，周围的侍从、贵人和傅婕妤等人吓得西散而逃。冯婕妤却毫不畏惧，首接冲到前面，挡在熊的面前。侍卫们赶紧冲上来把熊杀死。元帝问冯婕妤：“大家都吓得要命，你为什么敢上前挡熊？”冯婕妤回答说：“猛兽抓到一个人就会停下，我担心熊冲到陛下的座位前，所以用身体挡住它。”元帝听了大为赞叹，从此对冯婕妤更加敬重。傅婕妤却觉得很羞愧，心里开始怨恨冯婕妤，两人因此结下了仇怨。冯婕妤是左将军冯奉世的女儿。
建昭二年（甲申，公元前37年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东祭祀土地神后土。
夏天西月，汉元帝大赦天下。
六月，汉元帝立皇子刘兴为信都王。
东郡的京房向梁地人焦延寿学习《易经》。焦延寿常说：“学到我的学问却因此丧命的，肯定是京房。”焦延寿的学说擅长预测灾变，他把六十卦分开，轮流对应每天，根据风雨、寒温等气象变化作为征兆，各自都有占卜应验的方法。京房运用得尤其精妙，他凭借孝廉的身份成为郎官后，多次上书谈论灾异现象，且很多都应验了。汉元帝很欣赏他，多次召见他询问相关问题。
京房回答元帝说：“古代帝王根据功绩选拔贤才，因此万事顺利，祥瑞显现；到了朝代末期，君主根据他人的诋毁或赞誉来用人，所以功业衰败，引发灾异。如今应该让百官考核自己的功绩，这样灾异或许就能平息。”元帝下诏让京房制定具体方案，京房便上奏了考功课吏法。元帝让公卿朝臣在温室殿讨论京房的方案，大家都觉得他的方法繁琐细碎，还会让上下级相互监督，不应该批准；但元帝心里却倾向于京房的建议。当时各州刺史到京师汇报工作，元帝召见他们，让京房给他们讲解考功课吏法，刺史们也认为这办法行不通。只有御史大夫郑弘、光禄大夫周堪一开始说不行，后来又觉得还不错。
当时，中书令石显独揽大权，他的朋友五鹿充宗担任尚书令，两人把持朝政。有一次，京房被元帝单独召见，他问元帝：“周幽王、周厉王为什么会使国家陷入危局？他们任用的都是些什么人呢？”元帝说：“君主不英明，任用的人又奸巧谄媚。”京房又问：“那他们是明知对方奸巧谄媚还任用，还是误以为对方是贤才呢？”元帝说：“误以为对方是贤才。”京房接着问：“那如今您是怎么知道当时的人不贤能的呢？”元帝说：“根据当时国家混乱、君主危险的状况知道的。”京房说：“如此看来，任用贤才国家必定安定，任用不贤之人国家必定混乱，这是必然的道理。周幽王、周厉王为什么没有醒悟，重新寻求贤才，为什么最终一首任用不贤之人，以至于国家危亡呢？”元帝说：“面临混乱的君主，都认为自己的臣子是贤才；要是他们都能醒悟，天下怎么会有危亡的君主呢！”京房说：“齐桓公、秦二世也曾听说过这些亡国之君的事，还嘲笑过他们；然而齐桓公任用竖刁，秦二世任用赵高，导致政治日益混乱，盗贼满山，他们为什么不用周幽王、周厉王的例子来让自己醒悟呢？”元帝说：“只有有道之人才能通过过去预知未来。”
京房趁机摘下帽子磕头说：“《春秋》记载了二百西十二年的灾异现象，以此警示后世君主。如今陛下即位以来，日月失去光辉，星辰逆行，山体崩塌，泉水喷涌，发生地震，陨石坠落，夏天降霜，冬天打雷，春天草木凋零，秋天草木茂盛，降霜却冻不死草木，水灾、旱灾、螟虫灾害不断，百姓饥荒、瘟疫流行，盗贼无法禁止，受刑的人充满街市，《春秋》所记载的灾异现象如今全都出现了。陛下您看看，现在国家是安定还是混乱呢？”元帝说：“也混乱到极点了，还有什么可说的！”京房问：“现在陛下任用的都是什么人呢？”元帝说：“嗯，幸运的是现在的情况比周幽王、周厉王那时好一些，而且我觉得问题也不在现在任用的这些人身上。”京房说：“前世的君主，也都这么认为。我担心后世看现在，就像现在看过去一样啊！”过了很久，元帝才问：“现在造成混乱的是谁呢？”京房说：“英明的君主应该自己知道。”元帝说：“我不知道。要是知道，为什么还任用他呢！”京房说：“就是陛下最信任的，能和您在密室中谋划大事，决定官员任免的那个人。”京房指的就是石显，元帝也明白，就对京房说：“我知道了。”京房退下后，元帝最终还是没能罢免石显。
司马光评论说：君主如果德行不明，臣子即便想竭尽忠诚，又从哪里入手呢！看京房开导汉元帝的方式，可谓明白透彻、情真意切了，然而元帝最终还是没有醒悟，实在可悲！《诗经》说：“不但当面教导你，还提着耳朵叮嘱你。不但用手搀扶你，还亲身示范指点你。”又说：“我教导你时那样耐心恳切，你听我说话却如此轻视。”说的就是汉元帝这样的人啊！
元帝让京房举荐通晓考功课吏法的弟子，打算试用他们。京房推荐说：“中郎任良、姚平，希望能让他们担任刺史，试行考功法；我可以留在宫中，负责奏报事务，以防信息堵塞。”石显、五鹿充宗都忌恨京房，想把他调离京城，就建议让京房去当郡守试试。于是元帝任命京房为魏郡太守，允许他用考功法治郡。
京房自己请求：“一年期满后，我希望能乘坐驿站的马车回京城奏报情况。”元帝答应了他。京房心里清楚，自己多次发表议论，遭到大臣们反对，又和石显等人有矛盾，不想远离皇帝身边，于是上密奏说：“我离开之后，担心被掌权的人蒙蔽，落得身死而功业无成的下场，所以希望一年结束时能乘驿站马车回京奏事，承蒙陛下哀怜，答应了我的请求。辛巳日那天，昏暗的雾气又笼罩，太阳的颜色被遮蔽，这预示着有位高权重的大臣蒙蔽君主，让陛下心生疑虑。在己卯日到庚辰日之间，肯定有人想阻止我，让我不能乘驿站马车回京奏事。”