然而，就在案件进一步深入调查之际，一封匿名举报信悄然出现在纪检组手中。
信中提到，不仅企业层面存在问题，就连部分高校和科研院所的高层领导，也涉嫌利用职权谋取私利。更令人震惊的是，有几名省部级干部的名字赫然在列。
这封信的内容太过敏感，几乎牵扯到整个体制的核心层。唐烨看完之后，脸色变得异常凝重。
他立刻召集李国栋、林婉清等人开会。
“如果这封信属实，那就意味着，这场腐败已经蔓延到了更高层。”唐烨低声说道，“我们必须小心行事，否则稍有不慎，就可能引发更大范围的政治震荡。”
“但我们也不能就此止步。”林婉清接过话头，“如果现在停手，等于放任这些人继续逍遥法外。而且，他们背后的关系网可能更深，如果不一查到底，将来后果不堪设想。”
“我同意婉清的意见。”李国栋沉声道，“不过，我们需要更稳妥的方式推进。最好是通过中央纪委直接介入，避免地方势力干扰。”
唐烨点了点头：“我会向中央汇报情况，请求成立专项工作组，由纪委牵头，联合多部门协同办案。”
会议结束后，唐烨亲自撰写了一份报告，详细列出了已掌握的证据和下一步行动计划。随后，他将这份报告递交给中央纪委主要领导。
几天后，中央正式批复成立“清源二号”专案组，由唐烨担任顾问，李国栋任组长，林婉清负责协调工作。
随着调查的深入，越来越多的黑幕被揭开。其中包括一名副省级干部因收受贿赂，违规审批某项高科技项目；还有一名高校校长，长期操控科研评审流程，为其亲属企业输送利益。
每一起案件的曝光，都在社会上引起强烈反响。有人称赞唐烨敢于动真格，也有人质疑他是否越界干预司法。但无论如何，这场改革已经无法回头。
夜深人静，唐烨独自一人坐在办公室里，望着桌上那份厚厚的调查报告，心中五味杂陈。
他知道，自己所做的一切，也许不会被所有人理解。但他更清楚，只有打破旧有的利益格局，才能真正迎来属于中国的科技新时代。
他轻轻合上文件，站起身，走到窗前。
城市依旧灯火通明，仿佛在诉说着这个时代的脉搏。
“只要初心不变，信念不灭，终将迎来属于中国的科技新时代。”
唐烨站在窗前，望着远处城市的灯火。夜色深沉，科技部大楼内依旧亮着几间办公室的灯光。他心里清楚，这场改革才刚刚开始。
“清源”行动虽然取得了一些阶段性成果，但真正的挑战还在后面。那些被触动利益的人不会善罢甘休，而舆论的压力也远未结束。尤其是那封来自院士群体的公开信，在业内引发了不小的震动。唐烨知道，自己必须在监管与自由之间找到一个平衡点，否则这场改革很可能会适得其反。
第二天上午，唐烨召开了科技部内部高层会议。参会人员包括纪检组、财务司、科研管理司的主要负责人。
“‘清源’行动已经进入第二阶段。”唐烨开门见山，“我们要从项目审查扩展到资金流向、成果转化、人才引进等多个环节。特别是那些涉及国家安全和重大战略的技术领域，必须进行彻底排查。”
李国栋坐在一旁，神色凝重：“目前我们掌握的线索显示，某些高校和研究机构存在系统性造假行为。比如虚假申报、数据篡改、论文代写等问题，甚至有专家利用职务之便，为境外企业提供技术泄露通道。”
“这些都只是表象。”唐烨缓缓说道，“真正的问题在于，我们的制度漏洞太多，给了这些人可乘之机。我们必须从根本上解决问题，而不是头痛医头、脚痛医脚。”
会议持续了两个小时，最终确定了下一阶段的重点任务：对国家重点实验室、国家工程中心、以及承担国家级项目的单位进行全面审计；同时，加强对海外归国人才的背景调查，防止敌对势力借机渗透。
散会后，唐烨回到办公室，正准备处理一份文件时，秘书小张敲门进来：“部长，中科院王院士求见。”
“请他进来。”
片刻后，一位年过六旬的老者走进来，身穿中山装，神情严肃。他是中国量子物理领域的泰斗级人物??王振华院士。
“王老，您来了。”唐烨起身迎接。
“唐部长，我今天是代表一部分学者来的。”王振华坐下后，语气平缓却不容置疑，“你推动的改革方向没错，但手段太激进了。很多人担心，这次‘清源’行动会被某些人利用，成为打压异己的工具。”
唐烨点头：“我理解大家的担忧。但我必须说，如果我们不采取果断措施，未来会有更多像‘量子通信’这样的项目被渗透。这不是危言耸听，而是现实存在的威胁。”
王振华沉默了一会儿，叹了口气：“我也不是反对整顿，只是希望你们能更谨慎一些。科研需要自由，也需要一定的宽容度。否则，科学家们会变得谨小慎微，不敢创新。”
“这一点我已经考虑到了。”唐烨拿出一份文件递给对方，“这是新版《管理办法》的补充条款。我们在加强监管的同时，也增加了对科研人员权益的保护机制。比如，评审过程透明化、异议申诉机制、以及对举报人的保护政策等。”
王振华翻阅了一下，脸上露出一丝赞许：“看来你是真的想把这件事做好。”
“我一直记得一句话：科技强国，不能只靠口号，更要靠制度保障。”唐烨目光坚定，“我希望未来的科研环境，是一个既能激发创造力，又能守住底线的环境。”
两人谈了很久，气氛比预想中融洽许多。临走前，王振华拍了拍唐烨的肩膀：“年轻人，你这条路不好走。但只要你坚持初心，总会有人支持你。”
送走王振华后，唐烨重新坐回办公桌前，看着窗外渐渐暗下来的天空。他知道，接下来还有更多的挑战等着他。