条件是不再重启矩阵，并且停止进攻人类世界瀛洲，让机器和人类达成和平。
反之鱼死网破，机器人会消灭人类世界。
但周比利作为级病毒，也会感染整个机器帝国，机器和人类将同归于尽。
最终，机器大帝选择了与人类达成和解，并让杨叶进入矩阵消灭周比利。
杨叶进入矩阵后，现周比利此时已经控制了整个矩阵，矩阵中几乎所有的人类和程序都被他感染成了自己。
这时候的周比利，已经变得无比强大，两人开始决一死战。
这场持续十分钟的大战在原版算是很精彩了，杨叶版却再次升级，打得比原版炫酷。
原版主要是单挑，而杨叶版加入了群殴。
在第一部中，杨叶打一个周比利。
在第二部中，杨叶打一百个周比利。
到了第三部，杨叶打一亿个周比利。
杨叶变身人，极飞行，不断利用自己的权限影响，摧毁周比利。
整座城市，到处都在爆炸，无数的周比利串联在一起爆开，如同无数升腾而起的烟花，场面十分壮观。
不过，这种高燃场面也没持续多久，面对本体，还是得靠肉搏。
最终，杨叶不敌周比利，败下阵来。
周比利的目标是复制一切，所以他将杨叶复制成了自己。
但是，他不知道杨叶是从机器大帝那儿进入矩阵的。
当杨叶被周比利占据，两人的数据也就连在了一起。
机器大帝通过杨叶的代码，破解了周比利的代码。
机器大帝立刻删除了杨叶，作为级病毒的周比利也被一起删除。
于是，杨叶和周比利同归于尽。
在瀛洲，机器军团已经攻破了人类最后的防线。
但在最后一刻，它们停了下来，全体撤退。
自此，杨叶完成了救世主的任务，人类和机器和平相处。
最后，杨叶在真实世界中已经死去的肉身被机器们回收，而矩阵也第一次实现了质变的升级。
小刘意霏原本是两个程序相爱而生出小孩，一直有被删除的风险。
矩阵升级之后，她不再害怕被删除，还可以被分配工作。
她选择了制作朝霞的程序，她望着崭新矩阵中绚烂的朝霞，坚信杨叶还会回来。
……
整体来说，《矩阵革命》相对前面两部来说，比较平庸。
第一部以强的设定惊艳世人，第二部则是打斗和特效全面升级，看得人眼花缭乱，所以也收获了高的票房。
到了第三部，主角团的戏份变少，分出了一半的精力刻画人类和机器军团的大战。
这一部分虽然拍得很悲壮，却有点跑题，人们还是更愿意看主角装逼。
但杨叶作为主角，表现却又有点憋屈。
一开始困在车站出不来，还得靠人救。
后来又被暗算，弄瞎了一双眼睛。
最后单挑周比利，也没有打赢，而是靠作弊结束了战斗。标题说什么矩阵革命，最后其实也没有革命。