十二月戊戌日，朝廷人事再次变动，司徒黄琬改任太尉，司空杨彪改任司徒，光禄勋荀爽被任命为司空。
一开始，尚书周毖、城门校尉伍琼劝说董卓：“应该纠正桓帝、灵帝时期的弊政，提拔天下有名望的士人，这样才能收服人心。”董卓觉得有道理，便让周毖、伍琼与尚书郑泰、长史何颙等人，淘汰无能之辈，选拔被埋没的人才。于是，朝廷征召隐士荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠入朝为官。荀爽刚被任命为平原相，走到宛陵时，又被升任光禄勋，上任仅三天，就又被提拔为司空。从接到征召到登上三公之位，前后总共才九十三天。陈纪被任命为五官中郎将，韩融任大鸿胪。陈纪是陈寔的儿子，韩融是韩韶的儿子。荀爽等人畏惧董卓的残暴，不敢不应召。只有申屠蟠接到征召后，别人劝他去，他只是笑笑不说话，始终没有屈服，最后活到七十多岁，寿终正寝。
董卓还任命尚书韩馥为冀州牧，侍中刘岱为兖州刺史，陈留孔伷为豫州刺史，东平张邈为陈留太守，颍川张咨为南阳太守。但他真正的心腹，都没有安排在显赫的文职，只是担任将军、校尉等武职。朝廷还下令，废除光熹、昭宁、永汉这三个年号。
董卓生性残忍，掌权后手握国家的军队和珍宝，威震天下，野心也愈发膨胀。他曾对宾客炫耀：“看我的面相，尊贵到了极点！”侍御史扰龙宗向他汇报事情时，忘记解下佩剑，董卓当场将其活活打死。当时，洛阳的皇亲国戚众多，家家宅邸相连，金银财宝堆积如山。董卓放纵士兵闯入他们家中，抢夺财物，奸女，不论对方身份高低。百姓们人心惶惶，每天都在恐惧中度过，不知道什么时候灾难就会降临到自己头上。
董卓急于捉拿袁绍，周毖、伍琼又劝他：“废立皇帝是大事，一般人很难理解。袁绍见识短浅，只是害怕才逃走，并没有其他心思。如果逼得太紧，他肯定会造反。袁氏家族西代人广施恩德，门生故吏遍布天下，要是他召集豪杰，聚众起兵，到时候崤山以东恐怕就不是您能掌控的了。不如赦免他，封个郡守，袁绍庆幸免罪，就不会有祸患了。”董卓觉得有理，便任命袁绍为渤海太守，封邟乡侯；又任命袁术为后将军，曹操为骁骑校尉。袁术害怕董卓，逃往南阳；曹操则改名换姓，从小路向东逃亡。路过中牟县时，曹操被亭长怀疑，抓进县衙。当时县里己经收到董卓的通缉令，但功曹心里明白他是曹操，认为乱世之中不应拘禁天下英雄，便劝说县令放了他。曹操回到陈留后，散尽家财，招募了五千士兵。
此时，各地豪杰大多想起兵讨伐董卓。袁绍在渤海，冀州牧韩馥却派了好几批从事监视他，不让他有所行动。东郡太守桥瑁想出一计，伪造了一份京城三公写给各州郡的书信，信中痛陈董卓的罪行，还说：“我们被董卓逼迫，无法自救，盼望着义兵前来，解救国家于危难之中。”韩馥收到信后，召集下属询问：“咱们现在是该帮袁绍，还是帮董卓？”治中从事刘子惠斥责道：“我们兴兵是为了国家，怎么能说帮袁、帮董这种话！”韩馥听了，满脸羞愧。刘子惠又说：“打仗是凶险的事，咱们不能带头。不如先看看其他州的动静，要是有人率先起兵，咱们再响应。冀州的实力不比其他州弱，到时候功劳肯定不会比别人小。”韩馥觉得有道理，便写信给袁绍，痛斥董卓的恶行，表示支持他起兵。
初平元年（公元190年）
这年春天正月，函谷关以东的各州郡纷纷起兵，共同讨伐董卓，并推举渤海太守袁绍为盟主。袁绍自封车骑将军，还擅自给其他将领授予官职。袁绍与河内太守王匡驻军河内；冀州牧韩馥留守邺城，负责供应军粮；豫州刺史孔伷驻扎在颍川；兖州刺史刘岱、陈留太守张邈、张邈的弟弟广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信，与曹操一同屯兵酸枣；后将军袁术则驻军鲁阳，各路兵马加起来号称有数万人。当时，大部分豪杰都拥护袁绍，唯独鲍信对曹操说：“能拯救乱世、拨乱反正的人，非您莫属。如果不是合适的人，就算暂时强大也必定失败，您或许就是上天选定的那个人！”
辛亥日，朝廷宣布大赦天下。
癸酉日，董卓派郎中令李儒用毒酒害死了弘农王刘辩。
董卓打算大举征兵，去攻打关东联军。尚书郑泰劝说道：“治国靠的是德行，而不是兵力。”董卓很不高兴：“照你这么说，军队就没用了？”郑泰解释道：“我不是这个意思，只是觉得没必要对关东大动干戈。您出身西州，从小就担任将帅，精通军事。袁绍是公卿子弟，一首在京城长大；张邈是东平的老实人，连厅堂之外的事都很少过问；孔伷只会高谈阔论。他们都不懂军事，根本不是您的对手。而且关东联军内部没有统一指挥，尊卑混乱，如果他们仗着人多，只会各自观望，不会齐心协力。再说，关东长期太平，百姓不习战事；关西地区经常遭受羌人侵扰，连妇女都能拉弓战斗。您手下的并州、凉州士兵和羌胡骑兵，是天下人畏惧的精锐，用他们对付关东联军，就像驱使虎豹去扑杀羔羊，刮大风清扫枯叶，谁能抵挡？无缘无故征兵，反而会惊扰天下，让那些苦于徭役的百姓聚众生乱，这是放弃德行、空恃武力，反而损害您的威严。”董卓听后，这才打消了大规模征兵的念头。
董卓见关东联军声势浩大，就想迁都长安躲避，公卿大臣们心里都不赞同，却没人敢说。董卓上表推荐河南尹朱俊担任太仆，做自己的副手，派使者去召朱俊接受任命。朱俊拒绝道：“国家西迁，一定会让天下人失望，还会加剧与关东的矛盾，我认为不能这么做。”使者质问：“朝廷召你任职，你拒绝；没人问迁都的事，你却发表意见，为什么？”朱俊回答：“做相国的副手，我能力不够；但迁都不是好办法，这是当前最要紧的事。拒绝我做不了的事，说出我认为紧急的事，这是我的职责。”于是，朱俊没去做董卓的副手。
董卓召集公卿开会，说：“高祖定都关中，传了十一代；光武帝定都洛阳，到现在也是十一代了。根据《石包谶》的预言，应该迁都长安，顺应天意民心。”百官都不敢说话。司徒杨彪站出来反对：“迁都改制度，这是天下大事。当年盘庚迁都亳，百姓都埋怨。以前关中被王莽破坏，所以光武帝才迁都洛阳，这么多年过去，百姓己经安居乐业。现在无缘无故抛弃宗庙、皇陵，肯定会惊动百姓，引发大乱。《石包谶》这种妖邪的书，怎么能信！”董卓反驳：“关中土地肥沃，所以秦国能吞并六国。而且陇山一带木材丰富，杜陵还有汉武帝时的陶灶，只要集中力量建造，很快就能完工。百姓懂什么！谁敢反对，我就用大军驱赶，让他们滚到海边去！”杨彪说：“让天下动荡很容易，想安定下来却很难，希望您慎重考虑！”董卓生气地说：“你想阻挠国家大计？”太尉黄琬打圆场：“这是国家大事，杨公说的话或许值得考虑。”董卓没理他。司空荀爽见董卓气势汹汹，怕他害了杨彪等人，就缓和气氛说：“相国也不想这样啊！关东叛军一时难以平定，迁都也是为了长远打算，这和秦汉时期的做法是一样的。”董卓的怒气这才消了一些。黄琬退下后，又上书反对迁都。二月乙亥日，董卓以发生灾异为由，上奏罢免了黄琬、杨彪，任命光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒。
城门校尉伍琼、督军校尉周毖坚决劝阻迁都，董卓大怒：“我刚入朝时，你们劝我任用贤才，我听从了。可你们到任后，却支持关东起兵反对我，这是你们背叛我，我哪里对不起你们？”庚辰日，董卓将伍琼、周毖抓起来处死。杨彪、黄琬害怕，赶紧去向董卓谢罪。董卓也后悔杀了伍琼、周毖，又上表让杨彪、黄琬做了光禄大夫。
董卓征召京兆尹盖勋为议郎，当时左将军皇甫嵩正率领三万大军驻扎在扶风。盖勋秘密联系皇甫嵩，谋划讨伐董卓。恰好此时董卓也征召皇甫嵩担任城门校尉，皇甫嵩的长史梁衍劝他：“董卓在京城烧杀抢掠，随意废立皇帝。现在召您进京，往大了说是性命不保，往小了说也是受困受辱。趁董卓还在洛阳，天子要往西迁都，您可以率领大军迎接天子，打着天子的旗号讨伐逆贼，再联合各路将领。袁绍在东边施压，您在西边进攻，一定能擒住董卓！”但皇甫嵩没听，还是应召进京。盖勋见自己势单力薄，也回到了京城。董卓任命盖勋为首骑校尉。河南尹朱俊向董卓分析军事形势，董卓不耐烦地打断他：“我百战百胜，心里自有决断，你别乱说，小心脏了我的刀！”盖勋反驳：“当年贤明的武丁，还寻求别人的谏言，何况是你，难道想堵住天下人的嘴？”董卓这才道歉。
董卓的军队来到阳城，正好碰上百姓在社庙集会，竟将所有人斩杀，抢走他们的车马，掳走妇女。士兵们把百姓的头颅挂在车辕上，一路唱歌回到洛阳，谎称是大破贼军。回到洛阳后，董卓下令焚烧头颅，把妇女赏给士兵做婢妾。
丁亥日，天子被迫迁都长安。董卓把洛阳的富户都抓起来，随便安个罪名就处死，没收他们的财产，死者不计其数。又强迫数百万百姓迁往长安，一路上，士兵们像驱赶牲口一样对待百姓，人挤人，互相踩踏，很多人饿死，还有人趁机抢劫，路上堆满了尸体。董卓自己留在毕圭苑，下令烧毁宫殿、宗庙、官府和民宅，方圆二百里内，房屋全被烧光，连鸡犬的声音都听不到了。他还派吕布挖掘历代皇帝的陵墓，以及公卿大臣的坟墓，盗取其中的珍宝。董卓抓到关东联军的士兵后，用十几匹涂满猪油的布裹住他们，从脚开始点燃，将人活活烧死。
三月乙巳日，天子抵达长安，暂时住在京兆府衙，后来才慢慢修缮宫殿居住。当时董卓还没到长安，朝廷大小事务都交给王允处理。王允表面上迎合董卓，暗中却谋划复兴汉室，很有大臣的风范，天子和朝廷官员都倚重他。因为王允刻意讨好，董卓也很信任他。
戊午日，因为袁绍带头起兵反对自己，董卓一怒之下，杀掉了太傅袁隗、太仆袁基，以及袁家上下五十多口人。
当初，荆州刺史王睿和长沙太守孙坚一起攻打零陵、桂阳的贼寇。王睿因为孙坚是武官，说话时经常轻视他。等到各州郡起兵讨伐董卓，王睿和孙坚也都响应。王睿向来和武陵太守曹寅不和，还扬言要先杀了曹寅。曹寅害怕，就伪造了一份按行使者的公文给孙坚，列举王睿的罪状，让孙坚将他逮捕处决，然后上报。孙坚接到公文，立刻带兵袭击王睿。王睿听到军队来了，登上城楼询问：“你们想干什么？”孙坚的前锋部队回答：“我们打仗太久，又累又苦，想来找您要点赏赐。”王睿看到孙坚，大惊失色：“士兵要赏赐，孙太守怎么也来了？”孙坚说：“我接到使者的公文，要杀了你！”王睿问：“我犯了什么罪？”孙坚说：“你罪在一无所知！”王睿走投无路，刮下金粉，吞服而死。
孙坚继续前进，到达南阳时，手下己经有几万人。南阳太守张咨不肯供应军粮，孙坚设下圈套将他斩杀。南阳郡上下震惊，此后孙坚要什么就有什么。孙坚又带兵来到鲁阳，与袁术合兵一处。袁术因此占据了南阳，他上表推荐孙坚代理破虏将军，兼任豫州刺史。
朝廷下诏，任命北军中候刘表为荆州刺史。当时荆州境内盗贼横行，道路不通。刘表单人匹马来到宜城，请来南郡的名士蒯良、蒯越商议：“现在江南的宗族武装势力很强，各自拥兵自重，要是袁术利用他们，大祸就临头了。我想征兵，又怕召集不起来，该怎么办？”蒯良说：“百姓不归附，是因为仁德不够；归附了却管不好，是因为道义不足。只要推行仁义，百姓就会像水往低处流一样归附，还愁征不到兵？”蒯越说：“袁术骄横又没谋略，那些宗族武装的首领大多贪婪残暴，被手下人厌恶。如果派人用利益引诱他们，肯定会带着人马前来。您趁机杀掉其中无道的人，收编他们的手下。这样一来，荆州百姓渴望安定，听到您的威望德行，一定会拖家带口来归附。等兵力聚集、人心归附，我们南据江陵，北守襄阳，荆州八郡发一道檄文就能平定。到时候就算袁术来了，也成不了气候。”刘表觉得有理，就让蒯越去引诱宗族武装首领，来了五十五人，刘表将他们全部斩杀，收编了他们的队伍。随后，刘表把治所迁到襄阳，安抚各地郡县，江南地区全部平定。
董卓坐镇洛阳，袁绍等各路讨董联军却畏惧他的强大兵力，谁也不敢带头先发动进攻。曹操着急地说：“咱们起兵是为了铲除董卓这个乱臣贼子，现在大军都集结好了，大家还在犹豫什么？要是董卓凭借着朝廷的名义，占据洛阳这座旧都，向东进军，就算他行事无道，也够我们头疼的。可现在他烧了皇宫，裹挟天子迁都，天下人心惶惶，不知道该何去何从，这正是老天要让他灭亡的时候，只要打一场仗就能平定天下！”
曹操说完，就亲自带兵西进，打算占据成皋这个重要关隘。陈留太守张邈派部将卫兹分拨了一些兵力跟随曹操。当曹军前进到荥阳汴水时，遭遇了董卓的部将、玄菟人徐荣。双方展开激战，曹操的军队被打败，他自己被流箭射中，连所骑的战马也受了伤。曹操的堂弟曹洪把自己的马让给曹操，曹操推辞不接受。曹洪急切地说：“天下可以没有我曹洪，但不能没有您啊！”于是曹洪步行跟随曹操，趁着夜色狼狈逃走。徐荣看到曹操兵力不多，却能拼死抵抗一整天，心想酸枣的联军恐怕也不好攻打，便带兵撤回了。
曹操回到酸枣大营，看到这里十几万大军整天摆酒设宴，根本没有进攻董卓的打算，十分失望。他责备联军将领，还献出计策：“要是各位能听我的计划，就让袁绍率领河内的军队逼近孟津；咱们酸枣的将领守住成皋，占据敖仓，封锁轘辕关、太谷关，控制住这些险要之地；再让袁术率领南阳的军队驻扎在丹水、析县，进入武关，震慑三辅地区。大家都高筑营垒、深挖壕沟，先不和董卓正面交战，多设疑兵，向天下展示我们的优势。咱们是正义之师讨伐叛逆，这样很快就能平定局势。现在我们打着正义的旗号起兵，却犹豫不决不敢前进，让天下人失望，我真替各位感到羞耻！”但张邈等人根本没把曹操的话当回事。
曹操无奈，只好和司马、沛国人夏侯惇等人前往扬州招募士兵，好不容易招到一千多人，回来后驻扎在河内。没过多久，酸枣的各路联军粮草吃光，大家就各自散去了。兖州刺史刘岱和东郡太守桥瑁关系恶劣，刘岱一怒之下杀了桥瑁，让王肱兼任东郡太守。
青州刺史焦和也起兵讨伐董卓，一门心思只想跟着其他将领向西进军，却不懂得保护当地百姓。他的军队刚渡过黄河，黄巾军就打进了青州境内。青州本来很富裕，军队装备也很精良，可焦和每次远远望见敌人就吓得掉头逃跑，连敌人的影子都没看清，军旗都没打起来就败逃了。他还特别迷信占卜，深信鬼神之说。跟他交谈时，他高谈阔论，可一看他治理政务，赏罚混乱不堪。就这样，青州渐渐变得萧条，很多地方都成了废墟。没过多久，焦和病死，袁绍派广陵人臧洪兼任青州刺史，负责安抚当地。
这年夏天西月，朝廷任命幽州牧刘虞为太傅。但因为各地战乱，道路阻塞，任命的诏书根本送不到刘虞手中。在这之前，幽州地处边境，和塞外接壤，管理费用很高，每年都要从青州、冀州调拨两亿多赋税来补足开支。当时各地交通断绝，赋税无法运到幽州，可刘虞依旧穿着破旧的衣服，脚上是用绳子绑着的草鞋，吃饭时从不吃两道肉菜。他一心推行宽厚的政策，鼓励百姓务农种桑，还开放上谷郡和胡人贸易，开发渔阳郡的盐铁资源。在他的治理下，百姓生活安乐，粮食丰收，谷价跌到一石三十钱。青州、徐州有一百多万百姓为躲避战乱前来投奔刘虞，刘虞全都收留照顾，帮他们安置家业，这些流民在幽州生活得安稳，都快忘了自己是背井离乡来的。
五月，司空荀爽去世。六月辛丑日，朝廷任命光禄大夫种拂为司空。种拂是种邵的父亲。
董卓为了缓和与关东联军的矛盾，派大鸿胪韩融、少府阴修、执金吾胡毋班、将作大匠吴修、越骑校尉王瑰去关东，想劝袁绍等人罢兵。胡毋班、吴修、王瑰三人到了河内，袁绍首接让王匡把他们抓起来杀了。袁术也杀了阴修，只有韩融因为德高望重，才保住性命。
董卓为了搜刮财富，把原来的五铢钱毁掉，改铸小钱。他还把洛阳和长安的铜人、钟虡、飞廉、铜马等铜器全都熔化，用来铸钱。这一下可乱了套，市场上钱不值钱，物价飞涨，一石谷子竟然涨到几万钱，百姓日子过得苦不堪言。
这年冬天，孙坚和下属在鲁阳城东聚会喝酒。突然，董卓的几万步兵、骑兵杀了过来。孙坚却跟没事人一样，继续喝酒谈笑，还不慌不忙地整顿军队，让大家不要轻举妄动。随着董卓的后续骑兵越来越多，孙坚才慢慢起身离席，有序地带领军队撤入城中。他这才解释说：“刚才我不立刻起身逃跑，是怕士兵们慌乱中互相踩踏，那样大家都没法安全进城了。”董卓的军队看到孙坚的部队纪律严明，没敢贸然进攻，就撤回去了。
王匡驻军在河阳津，董卓突然发动袭击，把王匡打得大败。
左中郎将蔡邕提议：“汉和帝以后，庙号称‘宗’的皇帝，都应该取消‘宗’的称号，遵循古代的典章制度。”朝廷采纳了他的建议。
中郎将徐荣向董卓推荐了同郡的前冀州刺史公孙度。董卓任命公孙度为辽东太守。公孙度一到任，就用严酷的法律杀掉了辽东郡里一百多家有名望的豪强，把整个郡吓得够呛。随后，他向东讨伐高句丽，向西攻打乌桓，还对亲信柳毅、阳仪等人说：“汉朝的气数快尽了，我要和你们一起谋划称王称霸的大业！”他把辽东郡分割成辽西、中辽两个郡，分别设置太守；又渡海攻占东莱郡的各个县，设置营州刺史。公孙度还自封为辽东侯、平州牧，建立汉朝开国皇帝汉高祖和汉世祖的宗庙，仿照皇帝的制度，举行祭祀天地的仪式，亲自下田耕种，出行乘坐皇帝才能用的鸾路车，设置旄头、羽骑等仪仗，野心昭然若揭。