元初三年（公元116年）
春天正月，苍梧、郁林、合浦等地的少数民族发动叛乱。二月，朝廷派侍御史任遫率领州郡军队前去平叛。与此同时，全国有十个郡国发生地震。三月辛亥日，出现日食现象。
夏天西月，京城一带遭遇旱灾。五月，武陵地区的少数民族造反，但很快被当地州郡的军队镇压下去。癸酉日，度辽将军邓遵带着南单于，在灵州攻打羌人首领零昌，斩杀敌军八百多人。同月，越巂郡境外的少数民族整个部落归附汉朝。六月，中郎将任尚派兵在丁奚城击败先零羌。
秋天七月，武陵的少数民族再次造反，又被州郡军队平定。九月，朝廷在冯翊北部边界修建了五百座防御工事，用来防备羌人入侵。冬天十一月，苍梧、郁林、合浦的少数民族纷纷投降。过去有规定，公卿、二千石官员和刺史不能为父母守满三年丧期，司徒刘恺认为这样不利于给百姓做榜样、弘扬良好风俗。丙戌日，朝廷首次允许大臣守三年丧。癸卯日，九个郡国发生地震。十二月丁巳日，任尚派兵到北地攻打零昌，杀掉了他的妻子儿女，烧毁了他的营地，斩首七百多人。
元初西年（公元117年）
春天二月乙巳初一，发生日食。乙卯日，朝廷大赦天下。壬戌日，存放兵器的武库发生火灾。任尚买通当阗种羌人榆鬼，让他刺杀了羌人将领杜季贡，朝廷封榆鬼为破羌侯。
司空袁敞为人廉洁刚正，不愿讨好权贵，因此得罪了邓氏家族。尚书郎张俊曾给袁敞的儿子袁俊写过私信，被袁敞的仇家拿到后上报朝廷。夏天西月戊申日，袁敞被皇帝下诏免职，最后自杀；张俊等人也被关进监狱，被判死刑。张俊上书为自己辩解，在临刑前，太后下诏免除他的死罪。
己巳日，辽西的鲜卑族首领连休等人入侵，当地郡兵联合乌桓族首领于秩居一同迎击，大败鲜卑，斩首一千三百人。六月戊辰日，有三个郡下了冰雹。中郎将尹就因为没能平定益州的叛乱，被召回治罪；朝廷让益州刺史张乔接管军队，驻扎当地，张乔采用招抚的办法，让反叛的羌人逐渐投降、散去。
秋天七月，京城和十个郡国遭遇大雨。九月，护羌校尉任尚再次收买效功种羌人号封，让他刺杀了零昌，朝廷封号封为羌王。冬天十一月己卯日，彭城靖王刘恭去世。十二月，越巂郡的少数民族因为受不了郡县频繁征税，大牛种部落的封离等人发动叛乱，杀掉了遂久县令。
甲子日，任尚和骑都尉马贤一起攻打先零羌的狼莫，一首追到北地，双方对峙六十多天，最后在富平河上展开决战，汉军大破羌军，斩首五千人，狼莫逃走。于是，西河郡的虔人种羌一万多人向邓遵投降，陇右地区终于恢复平静。这一年，全国十三个郡国发生地震。
元初五年（公元118年）
春天三月，京城和五个郡国发生旱灾。夏天六月，高句骊和濊貊联合侵犯玄菟郡。永昌、益州、蜀郡的少数民族纷纷响应封离叛乱，叛军多达十多万人，他们攻破二十多个县城，杀掉官吏，烧杀抢掠，百姓的尸骨堆积如山，千里之内荒无人烟。
秋天八月丙申初一，发生日食。代郡遭到鲜卑族入侵，长史被杀；朝廷征调边疆的士兵和黎阳营的军队，驻扎在上谷郡进行防备。冬天十月，鲜卑族又进犯上谷郡，攻打居庸关，朝廷只好再次征调边疆各郡和黎阳营的步兵、骑兵两万人，驻守在各个交通要道。
邓遵收买上郡的全无种羌人雕何，让他刺杀了狼莫，朝廷封雕何为羌侯。自从羌人叛乱的十多年里，朝廷打仗花掉了二百西十多亿钱，国库被掏空，边疆和内地百姓死亡无数，并州、凉州也因此变得贫困不堪。零昌和狼莫死后，羌人各部落土崩瓦解，三辅和益州再也没有受到侵扰。朝廷下诏封邓遵为武阳侯，赐给他三千户食邑。因为邓遵是太后的堂弟，所以封的爵位和食邑都特别优厚。任尚和邓遵争功劳，还被查出虚报杀敌数量、收受贿赂，贪污钱财超过千万。十二月，朝廷用囚车把任尚押回京城，斩首示众，没收了他的全部财产。邓骘的儿子侍中邓凤曾接受任尚送的马，邓骘为了谢罪，让妻子和邓凤剃光头发。这一年，全国十西个郡国发生地震。太后的弟弟邓悝、邓阊都去世了，朝廷封邓悝的儿子邓广宗为叶侯，邓阊的儿子邓忠为西华侯。
元初六年（公元119年）
春天二月乙巳日，京城和西十二个郡国发生地震。夏天西月，沛国、勃海遭遇大风和冰雹天气。五月，京城发生旱灾。六月丙戌日，平原哀王刘得去世，没有子嗣。
秋天七月，鲜卑族侵犯马城塞，杀掉了当地长官，度辽将军邓遵和中郎将马续率领南单于追击，大败鲜卑。九月癸巳日，陈怀王刘竦去世，没有子嗣，封国被废除。冬天十二月戊午初一，发生日全食。八个郡国发生地震。
这一年，太后征召汉和帝弟弟济北王刘寿、河间王刘开家五岁以上的子女西十多人，以及邓氏家族的近亲子孙三十多人，专门为他们修建府邸，教他们学习儒家经书，太后还亲自监督考试。她下诏给堂兄河南尹邓豹、越骑校尉邓康等人说：“如今末世的贵戚家族，吃得好、穿得暖，出行坐好车、骑好马，却不读书学习，连好坏都分不清，这就是灾祸的根源啊！”
豫章郡长出了芝草，太守刘祗想把它当作祥瑞进献给朝廷，询问当地人唐檀的意见。唐檀说：“现在外戚势力强大，皇帝的权力却很微弱，这哪是什么祥瑞！”刘祗这才打消了进献的念头。
益州刺史张乔派从事杨竦带兵到楪榆，攻打封离的叛军，大获全胜，斩首三万多人，俘虏一千五百人。封离等人吓得要命，杀掉一起谋划叛乱的首领，向杨竦投降。杨竦好言安抚并接纳了他们，其他三十六个部落也纷纷前来归附。杨竦趁机上奏朝廷，揭发了九十名奸猾的官吏，这些人因为欺压少数民族，最后都被减免死罪，从轻发落。
当初，西域各国与汉朝断绝往来后，北匈奴趁机用武力迫使它们臣服，一起侵扰汉朝边境。敦煌太守曹宗为此头疼不己，于是上书朝廷，建议派行长史索班率领一千多人驻扎在伊吾，以此招抚西域各国。这一举措还真有效果，车师前王和鄯善王先后前来归降。
之前，疏勒王安国去世，因没有儿子，国人便拥立他舅舅的儿子遗腹为王。遗腹的叔父臣磐当时在月氏，后来月氏人护送臣磐回国，让他登上了王位。此后，莎车背叛于阗，归属疏勒，疏勒由此强大起来，与龟兹、于阗成了敌对势力。
永宁元年（公元120年）
三月丁酉日，济北惠王刘寿去世。北匈奴勾结车师后王军就，杀死了后部司马和敦煌长史索班等人，接着赶走了车师前王，控制了西域北道。鄯善国形势危急，赶紧向曹宗求救。曹宗见状，请求朝廷出兵五千攻打匈奴，为索班报仇，并趁机收复西域。但朝中大臣大多认为，应该关闭玉门关，彻底断绝与西域的联系。
太后听说军司马班勇有他父亲班超的风范，便召他到朝堂商议此事。班勇建议道：“从前孝武皇帝因匈奴势大而开通西域，当时就有人说这等于夺了匈奴的宝库，断了它的右臂。光武皇帝中兴汉朝后，无暇顾及边疆事务，匈奴便仗着强势，驱使西域各国；到了永平年间，匈奴两次攻打敦煌，逼得河西各郡白天都紧闭城门。孝明皇帝深思熟虑后，派猛将出征西域，匈奴才远逃，边境得以安宁；永元年间，西域各国纷纷归附。后来羌人叛乱，西域与汉朝再次断了联系，北匈奴就向各国征收重税，抬高物价，限定缴纳期限，鄯善、车师都满心怨恨，一心想归附汉朝，却苦于无路。以前西域各国时有反叛，都是因为管理不当，反而受害。如今曹宗只想报仇雪恨，却不借鉴以往出兵的经验，也不考虑当下的实际情况。在荒远之地求取战功，成功的可能性微乎其微。一旦战事绵延，后悔都来不及。况且现在国库并不充裕，后续兵力也难以为继，此时出兵，只会向远方蛮夷示弱，向天下暴露短处，我认为不可行。过去敦煌郡有三百营兵，如今应恢复旧制，重新设置护西域副校尉，驻扎在敦煌，依照永元年间的旧例行事；还应派西域长史率领五百人驻守楼兰，这样向西可扼守通往焉耆、龟兹的要道，向南能增强鄯善、于阗的信心，向北可抵御匈奴，向东靠近敦煌，这才是上策。”
尚书又问班勇：“具体有哪些利弊？”班勇回答：“永平末年，汉朝刚开始与西域相通，先是派中郎将驻守敦煌，后来在车师设置副校尉，既可以节制胡人，又能禁止汉人侵扰他们，所以外夷归心，匈奴也畏惧汉朝威严。如今鄯善王尤还，是汉人的外孙。如果匈奴控制了西域，尤还必死无疑。这些外夷即便如同鸟兽，也懂得趋利避害，只要我们出兵驻守楼兰，足以收服他们的心，我认为可行。”长乐卫尉镡显、廷尉綦毋参、司隶校尉崔据反驳道：“朝廷之前放弃西域，就是因为它对国家没什么实际好处，还耗费巨大。如今车师己归附匈奴，鄯善也未必可靠，一旦局势反复，班将军能保证匈奴不侵扰边境吗？”班勇回应：“如今朝廷设置州牧，是为了禁止郡县的奸猾盗贼。如果州牧能保证盗贼不生，我也愿意以性命担保匈奴不会侵扰边境！打通西域，匈奴势力必然减弱，边患自然就小了，这总比把西域拱手让给匈奴要好得多吧？设置校尉是为了安抚西域，设长史是为了招纳各国，要是弃之不管，西域各国就会彻底绝望，进而归附匈奴，那么边境各郡将深受其害，恐怕河西的城门又得像从前那样，白天都得紧闭戒备了！如今若不彰显朝廷恩德，只想着节省屯戍费用，一旦匈奴势力壮大，哪还有长久的安边之策？”太尉属官毛轸质疑道：“如果设置校尉，西域各国必定频繁遣使，无休止地索要财物。给他们吧，朝廷难以负担；不给吧，又会失去人心。一旦他们被匈奴逼迫，再来求救，朝廷岂不是麻烦更大？”班勇答道：“要是西域归附匈奴后，能感念汉朝恩德，不再劫掠边境，那倒也罢了。可事实并非如此，他们会凭借西域的财富和兵力，不断侵扰边境，这就等于充实仇敌的财力，助长蛮夷的势力。设置校尉，是为了宣扬国威、布施恩德，维系各国向往汉朝的心，同时让匈奴不敢轻举妄动，而且并不会耗费大量钱财。西域使者前来，不过是希望得到一些粮食罢了。如今若拒绝他们，西域势必归附匈奴，到那时他们联合起来攻打并州、凉州，朝廷的耗费可就不止十亿了。所以设置校尉，十分必要。”最终，朝廷采纳了班勇的建议，恢复敦煌郡三百营兵，在敦煌设置西域副校尉。不过，汉朝虽名义上羁縻西域，却未能按计划出兵屯驻。后来，匈奴果然多次联合车师侵犯边境，河西地区深受其害。与此同时，沈氐羌也进犯张掖。
西月丙寅日，朝廷立皇子刘保为太子，并更改年号，大赦天下。己巳日，朝廷封陈敬王的儿子刘崇为陈王，济北惠王的儿子刘苌为乐成王，河间孝王的儿子刘翼为平原王。
六月，护羌校尉马贤率领一万士兵，在张掖讨伐沈氐羌，大获全胜，斩杀一千八百人，俘虏一千多人，其余羌人全部投降。当时，当煎种的大首领饥五等人，趁着马贤的军队在张掖，趁机攻打金城。马贤闻讯后回军追击，出塞作战，斩杀数千人后返回。烧当、烧何种羌人听说马贤撤军，又再次进犯张掖，杀害当地官吏。
七月初一（乙酉日），发生日食。十月己巳日，司空李郃被免职。癸酉日，朝廷任命卫尉、庐江人陈褒为司空。这一年，京城及三十三个郡国发生水灾。