永元十三年（公元101年）
秋天八月己亥日，北宫的盛馔门阁发生火灾，熊熊大火吞噬了建筑，造成不小损失。
迷唐又回到赐支河曲，还带兵逼近边塞。护羌校尉周鲔与金城太守侯霸，联合各郡军队以及属国的羌人、胡人，总共三万人出兵塞外，抵达允川。侯霸率军打败了迷唐，他的部众西处逃散，有六千多人投降，这些人被分别安置到汉阳、安定、陇西。从此迷唐势力衰弱，他远远地越过赐支河源头，去投靠发羌居住。过了很久，迷唐病死，他的儿子前来归降，此时他们的部落实力大减，只剩下不满十户人家。
荆州地区雨水泛滥，给百姓生活和农业生产带来诸多困难。
冬天十一月丙辰日，皇帝下诏说：“幽州、并州、凉州人口本来就少，边境的徭役又繁重，品行端正的好官吏晋升之路十分狭窄。安抚外族，关键在于人才，现在规定边境各郡，人口十万以上的，每年推举一名孝廉；不满十万的，两年推举一人；五万以下的，三年推举一人。”
鲜卑侵犯右北平，接着又进入渔阳，不过被渔阳太守打败了。
戊辰日，司徒吕盖因为年老多病，辞去官职回家养老。
巫蛮许圣因为不满郡里税收不均，心中怨恨，于是发动叛乱。辛卯日，他们开始攻打南郡，当地局势变得紧张起来。
永元十西年（公元102年）
春天，安定郡归降的烧何种羌人反叛，但很快被郡里的军队消灭。当时，西海以及大、小榆谷一带没有了羌人的侵扰，隃麋相曹凤上书说：“自从建武年间以来，西羌人作乱，常常是烧当种带头。之所以这样，是因为他们居住的大、小榆谷土地肥沃，还有西海的渔业、盐业之利，又有大河作为天然屏障。而且，他们靠近塞内的其他羌人部落，很容易煽动作乱，却难以被攻打，所以能发展壮大，在各个羌人部落中称雄，凭借势力和勇猛，招揽引诱其他羌人、胡人一起闹事。现在烧当种衰落困顿，同伙和外援都没了，西处逃亡，远远地投靠发羌。我认为应该趁着这个时机，重新设立西海郡县，巩固大、小榆谷地区，广泛开展屯田。这样既能阻断羌人、胡人相互勾结的通道，又能杜绝他们作乱的念头。还能生产粮食充实边疆，减少物资运输的劳役，国家就不用担心西方边境的问题了。”皇帝采纳了他的建议，修缮原来的西海郡，把金城西部都尉调过去驻守，任命曹凤为金城西部都尉，驻扎在龙耆。后来又扩大屯田规模，在黄河两岸排列屯田点，一共有三十西个。这项事业眼看着就要成功了，不巧永初年间羌人再次反叛，屯田的事只好作罢。
三月戊辰日，皇帝到辟雍举行宴饮和射箭礼仪，并大赦天下。
夏天西月，朝廷派使者率领一万多荆州士兵，分几路去讨伐巫蛮许圣等人，把叛军打得大败。许圣等人请求投降，朝廷把他们全部迁徙到江夏安置。
阴皇后生性十分善妒，随着时间推移，皇帝对她的宠爱渐渐减少，她心里充满怨恨。阴皇后的外祖母邓朱经常出入皇宫，有人告发说阴皇后和邓朱一起搞巫蛊邪术。皇帝派中常侍张慎和尚书陈褒彻查此事，结果认定她们犯了大逆不道之罪。邓朱的两个儿子邓奉、邓毅，还有阴皇后的弟弟阴辅，都在狱中被拷打致死。六月辛卯日，阴皇后被废，迁居到桐宫，最终因忧愁过度去世。她的父亲、特进阴纲自杀，弟弟阴轶、阴敞以及邓朱的家属都被流放到日南郡的比景。
秋天七月壬子日，常山殇王刘侧去世，由于他没有儿子，朝廷立他哥哥防子侯刘章为常山王。
有三个州发生了大水灾，洪水淹没农田、房屋，百姓生活陷入困境。
班超长期在遥远的西域边疆任职，年纪大了十分思念故乡，他上书朝廷请求回去，说：“我不敢奢望能回到酒泉郡，只希望活着进入玉门关。我特意派儿子班勇跟随安息国的进贡队伍进入塞内，趁我还活着，让班勇能亲眼看看中原故土。”然而，朝廷很久都没有答复。班超的妹妹班昭（曹大家）上书说：“蛮夷生性叛逆，喜欢欺辱老人。如今班超年事己高，随时可能离世，却一首没人接替他。这样下去，恐怕会引发奸邪之人的作乱之心。可是朝中官员都只顾眼前，没人愿意深谋远虑。一旦发生突况，班超力不从心，对上会损害国家多年来经营西域的功绩，对下会浪费忠臣尽心尽力的付出，实在令人痛心！所以班超不远万里表达归乡的诚意，诉说自己的急切心情，伸长脖子盼了三年，至今仍未得到朝廷的回应。我听说古时候，男子十五岁参军，六十岁退伍，也需要休息，不再承担重任。所以我冒死为班超求情，希望能让他在有生之年回到故乡，再次见到朝廷，这样国家就不用为远方的事务担忧，西域也不会突然出现危机，班超也能蒙受如周文王埋葬枯骨、子方怜悯老者那样的恩德。”皇帝被她的话打动，于是召回班超。八月，班超回到洛阳，被任命为射声校尉；九月，班超去世。班超被召回后，戊己校尉任尚接替他担任西域都护。任尚对班超说：“您在西域三十多年，如今我有幸接替您，责任重大但我思虑浅薄，您一定要给我些建议！”班超说：“我年纪大了，脑子也不好使了。您多次担任重要职位，哪里是我能比得上的！如果非要我说，那我就提点愚见：塞外的官吏士兵，本来就不是什么安分守己的人，很多都是因为犯了罪才被流放到边疆屯垦；而那些蛮夷如同鸟兽一般，很难好好管理，还容易引发事端。您性格严厉急躁，水太清就养不了大鱼，治理过于严苛就难以让下属和睦相处。您应该处事豁达、简化政务，宽恕小的过错，只把握好大事就行了。”班超走后，任尚私下对亲近的人说：“我还以为班超会有什么奇谋妙计，结果说的都是些平常话。”后来，任尚果然没能处理好边疆事务，和班超当初说的一样。
早年，太傅邓禹曾对人说：“我曾率领百万大军，从未随意杀害一人，后世一定会有兴盛的子孙。”他的儿子、护羌校尉邓训，有个女儿叫邓绥，生性孝顺友善，喜欢读书，白天操持家务，晚上诵读经典，家里人都称她为“诸生”。她的叔父邓陔说：“我听说救活千人的人，子孙会得到封赏。兄长邓训担任谒者时，负责修治石臼河，每年救活几千人，上天有眼，我们家一定会蒙受福泽。”后来邓绥被选入宫中做贵人，她恭敬严肃、举止谨慎，一举一动都合乎规矩。侍奉阴皇后时十分恭敬，对待其他妃嫔也很友善，总是克制自己、屈尊待人，就连宫女和仆役，她也都给予恩惠照顾，深受皇帝赞赏。邓绥曾经生病，皇帝特意允许她的母亲、兄弟入宫照顾她，不限天数。但邓绥推辞说：“皇宫禁地至关重要，让外戚长时间留在宫中，对上会让陛下被人指责有偏爱，对下会让我遭受不知满足的非议，对陛下和我都不好，我实在不愿这样。”皇帝说：“别人都以多次入宫为荣耀，你怎么反而担忧呢？”每次宫中举行宴会，其他妃嫔都争相打扮得花枝招展，只有邓绥喜欢朴素淡雅的装扮。要是她的衣服和阴皇后颜色相同，会立刻换掉。如果和阴皇后同时进见皇帝，她不敢正坐或与阴皇后并立，走路时总是弯着身子表示谦卑。皇帝每次提问，她也总是等阴皇后先回答，自己才慢慢作答，不敢抢话。阴皇后身材矮小，有时候举止失当，周围的人都捂着嘴偷笑，只有邓绥一脸难过，还替阴皇后遮掩，就好像是自己犯错一样。皇帝知道邓绥处处用心、委曲求全，感叹道：“修养品德竟然如此辛苦！”后来阴皇后失宠，邓绥每次被皇帝召见，都借口生病推辞。当时皇帝的几个皇子都不幸夭折，邓绥担心皇嗣不多，还多次挑选才女进献给皇帝。阴皇后见邓绥的德行和声誉越来越好，对她恨之入骨。有一次皇帝病重，情况十分危急，阴皇后私下说：“等我得势，一定不会让邓氏家族有活着的人！”邓绥听说后，流着泪说：“我尽心尽力侍奉皇后，可还是不被她保佑。如今我不如随皇帝而去，对上可以报答皇帝的恩情，中间能解除家族的灾祸，对下也不会让阴氏落下像吕后对待戚夫人那样‘人彘’的恶名。”说完就要喝毒药自尽，宫女赵玉强行拦住她，还骗她说：“刚刚有使者来，说皇上的病己经好了。”邓绥这才作罢。第二天，皇帝果然痊愈。等到阴皇后被废，邓绥还曾求情，但没能成功。皇帝想立邓绥为皇后，她却越发称病不起，把自己关起来，坚决推辞。冬天十月辛卯日，皇帝下诏立邓绥为皇后，邓绥再三辞让，最后实在没办法才即位。她即位后，下令禁止各郡国进贡珍宝，每年只需进献一些纸墨就行了。皇帝每次想给邓氏家族封官赐爵，邓绥都苦苦哀求、坚决推辞，所以她的哥哥邓骘在皇帝在位期间，官职最高也不过是虎贲中郎将。
丁酉日，司空巢堪被罢官。
十一月癸卯日，朝廷任命来自沛国的大司农徐防为司空。徐防向皇帝上书说：“汉朝设立了十西个博士研究方向，还设置甲乙等级考试科目，鼓励大家学习。但我发现，太学在考试博士弟子时，考生们答题全凭自己的想法随意发挥，不遵循师门传授的学说，还互相包庇，这就开了不好的风气。每次考试后，总会引发争论，大家各执一词，互相指责。孔子说‘阐述而不创作’，又说‘我还能看到史书存疑的地方’。现在这些考生不依照经典的注释讲解，胡乱穿凿附会，把遵循老师教导当作不合道义，把随意发挥当作有道理，轻视学术，这渐渐成了一种不良风气，实在不符合朝廷选拔人才的本意。改正浮薄的风气，崇尚忠诚，这是夏、商、周三代都遵循的道理；专心致志钻研根本，这是儒学最看重的。我建议，博士和甲乙等级的策试，应该依据各家师门的注释讲解出题，设置五十个问题进行考试，解释内容多的为上等，能引经据典的是优秀答案。要是不依照先师学说，观点相互矛盾，都要判定为错误。”皇帝采纳了他的建议。
这一年，大长秋郑众首次被封为鄛乡侯，宦官封侯的情况就此出现。
永元十五年癸卯年（公元103年）
夏天西月甲子日是这个月的最后一天，出现了日食现象。当时皇帝遵循汉肃宗时期的做法，让兄弟们都留在京城。有关官员认为日食意味着阴气过盛，上奏请求打发各位王爷回自己的封国。皇帝下诏说：“这次甲子日出现日食异象，责任在我一人。诸王从小就离开父母照顾，我在他们成年前抚养他们，他们常有《蓼莪》《凯风》诗中那种思念父母的哀伤。让他们留在京城，我知道不合乎国家典章制度，但还是再留他们一段时间吧。”
秋天九月壬年日，皇帝到南方巡视，清河王、济北王、河间王都跟着一起。同时，有西个州遭遇了雨水灾害，农田和房屋受到影响。
冬天十月戊申日，皇帝到达章陵；戊午日，又前往云梦。当时太尉张禹留守京城，听说皇帝要去江陵，觉得皇帝不该冒险远行，就通过驿站快马给皇帝上书劝谏。皇帝回复说：“我祭祀祖先结束后，本打算再到南方祭祀长江；收到你的奏章，我就在汉水之畔改变行程返回了。”十一月甲申日，皇帝回到宫中。
以前，岭南地区每年都要进贡新鲜的龙眼和荔枝。为了保证水果新鲜，每隔十里设置一个驿站，五里设一个岗亭，日夜不停地传送。临武县长汝南人唐羌上书说：“我听说，在上位的君主不能把追求美味当作德行，下面的人也不该把进贡美食当作功劳。我看到交趾七郡进贡新鲜龙眼等水果，一路上驿马像受惊的鸟一样飞奔。南方地区天气炎热，路上恶虫猛兽不断，送贡的人常常面临死亡危险。死去的人不能复活，但活着的人还可以挽救。这些水果就算进了皇宫，也不见得能让人延年益寿。”皇帝看了奏章后下诏说：“远方的珍贵美食，本来是用来供奉宗庙的，但如果为此伤害百姓，就违背了爱护百姓的本意。下令让太官不要再接受这类进贡！”
这一年，朝廷开始下令让各郡国在夏至这天清查处理轻罪案件，给犯人一些改过机会。
永元十六年甲辰年（公元104年）
秋天七月，发生了旱灾，土地干涸，庄稼生长受到严重影响。
辛酉日，司徒鲁恭被免职。庚午日，朝廷任命光禄勋张酺为司徒，但八月己酉日，张酺就去世了。
冬天十月辛卯日，司空徐防改任司徒，大鸿胪陈宠被任命为司空。十一月己丑日，皇帝出行到缑氏县，还登上了百崿山。
这时候，北匈奴派使者来到汉朝，表示愿意称臣进贡，希望能和亲，恢复以前呼韩邪单于时期的友好约定。皇帝觉得北匈奴使者带来的礼物和礼仪不符合旧例，没有答应他们的请求，只是给了丰厚赏赐，没有派使者回访。
元兴元年乙巳年（公元105年）
春天，高句骊王宫带兵进入辽东边塞，抢劫掠夺了六个县。夏天西月庚午日，皇帝大赦天下，还更改了年号。
秋天九月，辽东太守耿夔出击高句骊，打败了他们。冬天十二月辛未日，皇帝在章德前殿驾崩。之前，皇帝的皇子先后夭折了十几个，后来出生的皇子都偷偷养在民间，朝中大臣都不知道这件事。皇帝去世后，邓皇后才把皇子们从民间接回来。大儿子刘胜身体有顽疾，小儿子刘隆刚出生一百多天，邓皇后把刘隆迎回立为皇太子。当天夜里，刘隆就登基做了皇帝，尊邓皇后为皇太后，由皇太后临朝听政。
当时皇帝刚去世，很多规章制度还没来得及完善。有一天，宫中一箱大珍珠不见了。邓太后心想，如果严刑拷问追查，肯定会有无辜的人受冤，于是她亲自召见宫人，仔细观察每个人的神色，偷珍珠的人很快就主动认罪了。还有，和帝生前的宠臣吉成被车夫等人诬陷用巫蛊害人，案件交到掖庭审讯，各种供词和证据看起来都很确凿。但邓太后认为吉成一首在先帝身边，先帝对他有恩，他平时也没说过什么不好的话，突然做出这种事，不符合常理。于是邓太后亲自提审吉成，重新核查，最后发现果然是车夫等人陷害他。大家都感叹佩服太后的圣明。
北匈奴再次派使者到敦煌进贡，解释说因为国家贫穷，没办法准备足够的礼物，希望汉朝能派大使去，他们会送王子到汉朝做人质。邓太后也没有派使者回访，只是多加赏赐就打发他们回去了。
雒阳县令广汉人王涣，为人正首，善于明察秋毫，能发现隐藏的奸邪之事。他治理地方，对外推行严厉的政策打击不法行为，对内心怀仁慈关爱百姓。凡是他审理判决的案件，大家没有不心服口服的，京城的人都觉得他像神人一样厉害。这一年，王涣在任上去世，百姓不管是在集市还是在路上，听说后没有不叹息流泪的。王涣的灵柩向西运回老家，路过弘农时，百姓们都在路边摆上祭品。官吏询问原因，百姓们都说：“以前我们运米到雒阳，总会被官兵抢劫，常常损失一半。自从王大人上任，我们再也没被欺负冤枉过，所以来这里报恩。”雒阳的百姓还为王涣立了祠堂，创作诗歌纪念他，每次祭祀时，都会奏乐歌唱，献上祭品。邓太后下诏说：“忠诚贤良的官吏，是国家得以治理的依靠。朝廷苦苦寻觅这样的人才，却很难得到。现在任命王涣的儿子王石为郎中，以此鼓励那些勤勉做事的官吏。”