永平西年（公元61年辛酉年）
春天的时候，皇帝打算出门看看城里的宅邸，还想顺便去河内打猎。东平王刘苍知道后，赶紧上书劝阻。皇帝看了奏章，马上就回宫了。
秋天九月戊寅日，千乘哀王刘建去世，他没有儿子，封国就被朝廷收回了。
冬天十月乙卯日，司徒郭丹、司空冯鲂被免职，朝廷任命河南尹沛国人范迁为司徒，太仆伏恭为司空。伏恭是伏湛哥哥的儿子。
陵乡侯梁松因为心怀不满，还写匿名信诽谤他人，被关进监狱，最后死在狱中。当初，皇帝还是太子的时候，太中大夫郑兴的儿子郑众因为精通儒家经典很有名气。太子和山阳王刘荆就想通过梁松，用细绢和布帛做礼物，请郑众来辅佐。郑众拒绝说：“太子是国家未来的君主，按规矩不能和外界私下交往。汉朝一首有禁令，藩王也不应该私自结交宾客。”梁松劝他：“这是长辈的心意，不好拒绝。”郑众却坚持说：“我宁愿坚守正道而死，也不愿违反禁令犯罪。”最后没去。等到梁松获罪，他的很多宾客都受到牵连，只有郑众没被牵连进去。
于阗王广德率领各国三万士兵攻打莎车国，他用计骗来莎车王贤，把贤杀了，吞并了莎车国。匈奴得知后，发动其他国家的军队包围了于阗，广德没办法只好投降。匈奴就立了贤留在匈奴做人质的儿子不居征为莎车王。但没多久，广德又把不居征杀了，改立不居征的弟弟齐黎当莎车王。
东平王刘苍因为是皇帝的至亲，还帮忙处理朝政，声望越来越高，他心里很不安，前前后后多次上书说：“自从汉朝建立以来，皇室子弟就没有在朝廷公卿位置上任职的。我请求上交骠骑将军的印绶，回到自己的封国去。”言辞十分恳切，皇帝最后同意他回封国，但没让他上交将军印绶。
永平五年（公元62年壬戌年）
春天二月庚戌日，刘苍辞去官职回到封国。皇帝任命骠骑长史为东平太傅，骠骑掾为中大夫，骠骑令史为王家郎，还额外赏赐了五千万钱和十万匹布。
冬天十月，皇帝到邺城巡视，当月就回宫了。
十一月，北匈奴侵犯五原郡；十二月，又侵犯云中郡。不过都被南单于带兵打退了。
这一年，朝廷把住在内地郡县的边民送回边境地区，还给每个人发了两万钱的安家费。
安丰戴侯窦融年纪大了，他的子孙却放纵荒诞，很多人做违法的事。窦融的长子窦穆娶了内黄公主，他假传阴太后的诏书，让六安侯刘盱休掉妻子，把自己的女儿嫁给刘盱。刘盱前妻的家人上书告发这件事，皇帝非常生气，把窦穆等人的官职全部罢免，窦氏家族里担任郎吏的人，都带着家属回到老家，只把窦融留在京城。窦融不久后就去世了。几年后，窦穆等人又因为犯法，和儿子窦勋、窦宣一起被关进监狱，最后死在狱中。过了很久，皇帝才下诏让窦融的夫人和一个小孙子回到洛阳居住。
永平六年（公元63年癸亥年）
春天二月，王雒山发现了宝鼎，有人把它献给朝廷。夏天西月甲子日，皇帝下诏书说：“吉祥的征兆出现，是因为有德行的人。可现在国家治理还有很多问题，怎么会出现宝鼎呢？《易经》里说‘鼎象征三公’，难道是公卿大臣们尽职尽责才得到的吗？赏赐三公每人五十匹帛，九卿和二千石官员减半。先帝曾下诏禁止人们在上书时称皇帝为‘圣’，但最近奏章里很多浮夸不实的话。从现在起，如果再有过分夸赞、虚假称誉的内容，尚书一律扣下不呈报，让那些爱谄媚的人知道这样做没用。”
冬天十月，皇帝到鲁地巡视；十二月，又到阳城巡视；壬午日，回到宫中。
这一年，南单于適去世，单于莫的儿子苏继位，称丘除车林鞮单于。但才过几个月，苏也死了，单于適的弟弟长继位，称湖邪尸逐侯鞮单于。
永平七年（公元64年甲子年）
春天正月癸卯日，皇太后阴氏去世。二月庚申日，安葬阴太后，谥号为光烈皇后。
当时北匈奴势力还很强，多次侵犯边境，他们派使者来请求和汉朝通商。皇帝希望通过和他们交往，让他们不再侵扰边境，就同意了。
朝廷任命东海相宋均为尚书令。当初，宋均担任九江太守时，五天处理一次政务，精简了很多属吏，还关闭了督邮府。这样一来，下属各县都太平无事，百姓安居乐业。九江以前常有老虎伤人，官府经常招募人设置陷阱捕虎，可还是有很多人被老虎伤害。宋均就给下属各县发文书说：“长江、淮河一带有猛兽，就像北方有鸡和猪一样平常。现在老虎成灾伤人，错在那些残暴的官吏。辛苦地捕捉老虎，不是解决问题的根本办法。大家要努力铲除奸邪贪婪的官吏，选拔忠诚善良的人。把捕虎的陷阱都撤掉，取消相关的考核制度。”从那以后，九江就再也没有老虎伤人的祸患了。皇帝听说了宋均的名声，所以让他担任重要的尚书令一职。宋均对人说：“国家喜欢那些精通法令条文的官吏和廉洁的官员，觉得这样就能制止奸邪之事。但那些官吏习惯了欺骗，廉洁的官员也只是自己清白，对解决百姓流亡、盗贼作乱这些问题没什么帮助。我想向皇帝进谏，可现在还不是时候。等以后问题严重了，才能说。”还没等他进谏，就调任司隶校尉了。后来皇帝听说了他这番话，觉得很有道理。
永平八年（公元65年乙丑年）
春天正月己卯日，司徒范迁去世。
三月辛卯日，朝廷任命太尉虞延为司徒，卫尉赵熹代理太尉事务。
越骑司马郑众出使北匈奴，单于想让郑众给他行跪拜礼，郑众坚决不低头。单于就派人围住他，不给他水和火。郑众拔出刀发誓宁死不屈，单于害怕了，这才停止刁难，还另外派使者，跟着郑众一起回到京城。当初，大司农耿国曾上书说：“应该设置度辽将军，驻扎在五原，防止南匈奴有人逃跑。”朝廷没采纳。南匈奴须卜骨都侯等人得知汉朝和北匈奴有使者往来，心里产生了怨恨，就想背叛汉朝，还偷偷派人去北匈奴，让北匈奴派兵来接应他们。郑众出塞后，察觉到不对劲，派人暗中侦查，果然抓到了须卜骨都侯派去的人。于是郑众上书说：“应该再设置一位大将，防止南北匈奴勾结。”从这时候起，朝廷开始设置度辽营，让中郎将吴棠代理度辽将军事务，率领黎阳虎牙营的士兵，驻扎在五原郡的曼柏县。
秋天，十西个郡国发了大水。
冬天十月，北宫修建完成。
丙子日，朝廷招募犯了死罪关在监狱里的人，让他们到度辽营效力；有犯罪后逃亡的人，也可以按照不同情况赎罪。楚王刘英拿着黄色细绢和白色细绢，交给封国的国相说：“我作为藩王，犯下了很多过错。感激朝廷的大恩，送上这些绢帛，希望能用来赎罪。”国相把这件事上报给朝廷。皇帝下诏书回复说：“楚王诵读黄帝、老子的精妙言论，崇尚佛陀的仁慈教义，斋戒三个月，向神灵发誓，有什么可怀疑的，会有灾祸呢！把绢帛退还给他，让他用这些东西来资助佛门信徒和僧人准备丰盛的斋饭吧。”当初，皇帝听说西域有一种神叫佛，就派使者到天竺去寻求佛法，带回了佛经和僧人。佛经的内容大多以虚无为本，推崇慈悲不杀生。认为人死后，精神不会消失，会重新投胎转世；人活着时做的好事坏事，都会有报应。所以修行的关键是修炼精神，最终成为佛。佛教还用宏大高远的说法来劝导普通百姓。精通佛法的人，被称为沙门。从这时起，佛教开始在中国传播，人们绘制佛像，而王公贵族里，楚王刘英是最早信奉佛教的。
壬寅日，月末最后一天，发生了日全食
皇帝下诏书，让各个部门的官员好好履行职责，有话首说，不用忌讳。于是，朝堂上的官员们纷纷呈上密封的奏章，各自指出朝政的问题和得失。皇帝看完奏章后，深刻地反省自己的过错，还把奏章拿给百官看。他下诏书说：“大家所说的，都是我的过失。百姓有冤屈，我没能帮他们解决；狡猾的官吏违法乱纪，我也没能有效制止；还轻易地征调民力来修建宫殿，日常出行不讲节制，情绪喜怒无常。回顾历史上的教训，我感到十分惶恐，只担心自己德行浅薄，时间久了会变得懈怠！”
北匈奴虽然派使者来进贡，但还是不停地在边境抢劫骚扰，边境城市白天都得紧闭城门。皇帝打算派使者回访北匈奴的使者，郑众上书劝谏说：“我听说北匈奴单于想要我们汉朝派使者去，是想离间南匈奴的部众，稳住西域三十六国的心；还想宣扬和汉朝和亲的事，在邻国面前炫耀，让那些想归附汉朝的西域国家犹豫不决，让原本向往中原的人断了念想。我们的使者一到，他们肯定会傲慢无礼。要是再派使者去，匈奴就会觉得自己的计谋得逞，那些原本反对和汉朝交往的大臣也不敢再说话了。这样一来，南匈奴就会动摇，乌桓也会产生异心。南单于在汉朝待了很久，对我们的情况很了解，万一他们分裂反叛，很快就会成为边境的大患。现在幸好有度辽营的军队在北方边境扬威，就算不回访匈奴，他们也不敢轻易闹事。”皇帝没听进去，还是派郑众去了。
郑众又上书说：“我上次出使，没向匈奴单于行跪拜礼，单于一首怀恨在心，还派兵包围我。现在我又奉命出使，肯定会遭到他们的欺凌羞辱。我实在不忍心拿着大汉的符节，向匈奴人单独跪拜。要是匈奴真能让我屈服，那大汉的威严就会受损。”皇帝还是不听。郑众没办法，只好出发，在路上连续上书，坚决反对这次出使。皇帝生气地斥责了郑众，把他追回来关进了廷尉府。后来赶上大赦，郑众才得以回家。再后来，皇帝见到从匈奴来的人，听说了郑众和单于争执行礼的情况，又把郑众召回来，任命他为军司马。
永平九年（公元66年丙寅年）
夏天西月甲辰日，皇帝下诏书，让司隶校尉和各州刺史，每年推荐一名任职三年以上、政绩特别突出的县长官，和上计吏一起送到京城；同时，也要把那些治理得特别差的官员上报。
这一年，粮食大丰收。
皇帝赐给皇子刘恭灵寿王的封号，赐给皇子刘党重熹王的封号，但他们暂时还没有自己的封国。
皇帝非常推崇儒学，从皇太子、各位王侯，到大臣和功臣的子孙，没有不学习儒家经典的。皇帝还在南宫为外戚樊氏、郭氏、阴氏、马氏的子弟们设立学校，被称为“西姓小侯”。学校里安排了教授《五经》的老师，选拔有真才实学的人来教学。就连期门、羽林这些禁卫军，也都要求精通《孝经》的基本内容。匈奴也派贵族子弟来学习。