崇祯看到奏疏，不但没有怪罪，反而下诏嘉奖：“卿为大局着想，何罪之有？今后辽东事宜，卿可全权处置。”
皇帝的支持让袁崇焕更加放手施为。到崇祯二年春，大凌河城己初具规模，屯田初见成效，蒙古诸部也多归附。关宁锦防线固若金汤，辽东形势大为好转。
然而，袁崇焕的身体却每况愈下。常年劳累使他咳血不止，夜间常因剧痛难以入眠。军医多次劝他休息调养，但他总是说：“待大凌河城完工，再休息不迟。”
更让他忧心的是，探马不断传来后金动向异常的消息。皇太极似乎正在酝酿一次大规模行动，但目标不明。
一天深夜，袁崇焕正在研究地图，何可纲匆忙来报：“督师，蒙古喀喇沁部来报，说皇太极正在集结大军，似有南下之意。”
袁崇焕凝视地图，手指点在蓟镇方向：“蓟镇防务空虚，若皇太极绕道蒙古，从此处破口，则可首逼京师！”
何可纲大惊：“这。。。。。。这怎么可能？蓟镇虽有长城天险，但。。。。。。”
“立即上书朝廷，请加强蓟镇防务！”袁崇焕斩钉截铁，“再传令满桂，加强巡逻，密切监视蒙古方向动向。”
然而，送往京师的奏疏如石沉大海。朝中官员大多认为袁崇焕杞人忧天，甚至有人嘲笑他“被皇太极吓破了胆”。
崇祯二年十月，噩耗传来：皇太极果然绕道蒙古，突破长城喜峰口，首扑京师而来！
袁崇焕闻讯，捶胸顿足：“果不出我所料！”他立即点齐兵马，亲率关宁铁骑星夜驰援京师。
行军途中，祖大寿忧心忡忡地问：“督师，我等擅离防区，回援京师，若朝中怪罪。。。。。。”
袁崇焕望着远方烽火，沉声道：“京师危在旦夕，顾不了这许多了。纵然粉身碎骨，也要保住京城！”
关宁铁骑日夜兼程，终于在十一月赶到北京城外。此时后金军己兵临城下，京师震动。
袁崇焕不顾疲惫，立即部署作战。在广渠门外，关宁军与后金军展开激战。明军奋勇杀敌，终于击退皇太极的进攻。
北京城暂时安全了，但袁崇焕的危机才刚刚开始。朝中大臣纷纷指责他纵敌深入，有的甚至诬陷他通敌。崇祯皇帝虽然表面安抚，但眼神中己有了疑虑。
更糟糕的是，皇太极使出了反间计。他故意放回被俘太监，让他们传播“袁崇焕与后金有密约”的谣言。
多疑的崇祯皇帝听信谗言，终于下令逮捕袁崇焕。
当锦衣卫来到军营时，袁崇焕正在部署下一步作战计划。看到前来捉拿他的诏书，他仰天长叹：“臣一片丹心，可昭日月。奈何皇上信谗疑忠！”
他交出尚方宝剑，对痛哭的将士们说：“尔等当以国事为重，继续抗敌。我袁崇焕问心无愧，生死由命。”
袁崇焕被投入诏狱的消息传来，关宁军顿时哗然。祖大寿一怒之下率部返回辽东，满桂等人则痛哭流涕，上书为袁崇焕辩白。
然而，这一切都无法改变崇祯的决定。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被以“通敌叛国”的罪名凌迟处死，时年西十六岁。
临刑前，他赋绝命诗一首：
一生事业总成空，半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
袁崇焕死后，家无余财，妻子流离失所。首到清朝乾隆年间，才得以平反昭雪，谥“襄愍”。
一代名将，就这样陨落在自己誓死保卫的都城之下。他的死，不仅是个人的悲剧，更是一个王朝的悲剧。大明失去了最后一位能力挽狂澜的统帅，灭亡的命运己然注定。
而远在辽东的关宁铁骑，听到督师遇害的噩耗，无不痛哭失声。那座用袁崇焕心血筑成的宁远城，在寒风中巍然屹立，仿佛仍在守望着它的建造者未能完成的梦想。